明朝末年，中国当时最大的海商兼军事集团首领是郑成功的父亲郑芝龙（1604年～1662年），该集团斡旋于海内外霸权之间，在闽台海域占有支配性的地位，其势力之强大，以致于在明、清两代政权在福建地区的权力交替过程中，起着举足轻重的作用。在抗击荷兰殖民者期间，该集团的力量也不容忽视。
郑芝龙年十八岁时，到澳门的舅舅黄程处学习经商，并于澳门接受天主教洗礼，教名nicolas，之后往来于东南亚各地，并追随于日本平户岛的华侨巨商李旦门下。李旦去世后，郑芝龙逐渐接收势力，于1623年继承李旦的事业，但因日本施行锁国政策，遂於1624年与同党颜思齐将基地从日本正式迁到台湾笨港（今北港附近），开拓台南以北到嘉义附近沿海一带地区，并筑十个寨。
郑芝龙在台湾建立了基地后，想直接在大陆沿海有个基地发展贸易。郑家军曾多次打击福建沿海的明军部队，突袭金厦明军水师，还在同安境内竖旗招兵，几日内招到几千人。明朝政府福建方面的官员于是又想起了“以夷制盗”的招数。福建巡抚朱一冯与荷兰人密谋“以夷攻贼”，试图消灭郑芝龙的海上势力。
天启七年（公元1627年），都督俞咨皋主持的“以夷制盗”政策开始执行，郑芝龙对官夷勾结很恼火，随即予以还击，出动“火船”攻击荷兰舰队。荷兰韦特司令临阵脱逃，不发一炮，便率领二艘军舰逃返巴达维亚。双方海战，郑芝龙烧毁荷兰快艇奥沃克号，捕获西卡佩号和另外四艘舰船。这次海战，荷兰人惨败，“不得不退却”。
郑家军的海盗们甚至将明金厦水师的船只一把火统统烧了，“全闽为之震动”。至此明朝福建当局已完全对郑束手无策了，只好招抚郑芝龙。从此，郑芝龙掌握了台湾海峡福建一边的制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸，一出现就要被截获，人、船全归郑芝龙所有。而明朝水师更是退缩到港口内。
但作为一个精明的商人和海盗，郑芝龙认识到他的处境；在明军和西洋人的两面夹击下，他的海上独立王国是难以持久的，毕竟船只得靠岸补充给养，经商得有贸易港口；而在明朝官兵的一再捣乱下，台湾被明朝政府怂恿荷兰人占领后，郑家集团一直无法保障自己港口基地的稳定，长此以往必定会使郑家集团象前辈海盗们那样，或被明军勾结洋人灭了，或远走他乡流亡海外。崇祯皇帝上台后，福建巡抚熊文灿招安海盗，郑芝龙为长远考虑，遂奉招归附明朝政府，从此郑芝龙拥有在大陆的牢固基地，免去背后遭受官兵的威胁与攻击，使其能集中力量对付荷兰舰队及与之勾结的海盗集团，从容经营海上事业，接连打了几次胜仗。
