康熙二十二年(1683年)六月，施琅奉命率水师两万余人，战船两百余艘，自铜山(今福建东山)出发，进击台、彭，经过几天奋战，大败澎湖守军。郑军主力悉数被歼，军心涣散，已无战斗之力。施琅占据澎湖，居高临下，对郑军实行招抚。郑克?见大势已去，遂同意归附清廷，实行和平统一。台湾和祖国大陆和平统一在清初是一件大事，施琅为此立了大功。康熙把台湾的归附看成是施琅为清朝“扫数十年不庭之巨寇，扩数千里未辟之遐封。”他在施琅封侯的“制诰”中称赞他“矢心报国，大展壮猷，筹划周详，布置允当，建兹伟伐，宜沛殊恩。但从有关史实来看，在平台问题上，康熙帝对施琅的保护和支持显得非常重要，由此也展现了一代明君高瞻远瞩的战略眼光。
第一，任施琅为内大臣贬中有褒。正当施琅雄心勃勃希望以武力征服台湾时，康熙却下令撤水师召施琅入京任内大臣，不再议武力征台。康熙这样做，主要是迫于形势，而不是对施琅一意罢贬。因为主抚派在当时占了上峰，而且部分朝臣对施琅不信任。当时对施琅的不利因素比较多：他不仅是明郑的降将，而且在1664年前后两次率兵征台未果，损失兵丁，而当时清统治集团对明郑降将又多不信任，曾下令把这些降清士兵官员迁往内地各省安插，对施琅当然也不可能例外。这种不信任当然也包括康熙在内。当李光地向他推荐施琅为水师提督时，康熙问李：“汝能保其无他乎？”而清政府当时又要集中力量解决其他国内大事，所以康熙也只好下令撤兵。不过，作为施琅本人既认为平台是闽海第一要务，而且必须以剿逼和，是一个坚决的主剿派，他当然也不会轻易放弃自己的主张。1667年施琅上《边患宜靖疏》，说他经过调查，认为郑氏并无“归诚实意”，再次提出出兵征台。在朝野主抚派一片雀噪声中，康熙在看到施琅的奏疏之后，以“渡海进剿台湾逆贼，关系重大，不便遥定”为名，召施琅“从速来京，面行奏明所见，以使定夺”。施琅到京后，康熙任他为内大臣，并撤福建水师，不再议征台之事。表面上看，停议征台，对施琅是贬，但实际上施琅从福建水师提督调任从一品的内大臣则贬中有褒。
第二，再次起用施琅，表现出康熙的雄才大略。1681年，清、郑双方都发生了历史性的转折事件。这一年郑经去世，郑克?继位，郑氏集团内部矛盾激化；而清方在这一年最后平定了“三藩之乱”，能够腾出手来考虑平台的问题。这是施琅复出的契机。康熙深知平台不是一件易事，早在康熙十七年他就要姚启圣等遴选福建水师提督，条件“非才略优长，谙练军事不可。”据此，姚启圣就力荐施琅。但此次重新起用施琅却与施琅的同乡大学士李光地很有关系。据《清史稿》所记，康熙曾先后两次就福建水师提督人选事征求过李光地的意见。第一次李答以施琅“海上路熟，海上事他亦知得详细，海贼甚畏之”。第二次康熙就“命将”问题又一次征求他的意见，他认为“计量起来还是施琅”。理由是施琅是“海上世仇，其心可保。又熟悉海上情形，其人还有谋略，为海上所畏”。在李光地的力荐下，几乎没有经过太多周折，康熙便谕命施琅为福建水师提督，加太子少保。他赞扬施琅熟悉彼处地形、海寇情形，要“克期统领舟师进取澎湖、台湾”。并认为如果不派遣施琅去，“台湾所不能定”。施琅离京赴任前，康熙又语重心长地说：“尔至地方当与文武各官同心协力，以靖海疆。海氛一日，则民生一日不宁。尔当相机进取，以副朕委任至意。”
第三，破例同意施琅专征，显现出康熙帝用人不疑的宽广胸怀，历史上许多战例，不是失在敌强我弱，而是失在将领之间互相掣肘，互相扯皮，而贻误战机。因此，施琅一到厦门，立即上疏要求专征台湾，即军事指挥由他独自决策。在其意见被否决后，他又执意坚持，再次上书。康熙帝虽然认为人臣不该有这样的“妄奏”，但他还是网开一面，把施琅的意见交大臣讨论。大学士明珠赞成施琅的意见，认为“若以一人领兵进剿，可得行其志，两人同往则未免彼此掣肘”，主张“着施琅一人进兵似乎可行”。有明珠的附和，康熙帝立即表示同意明珠意见，下令“施琅相机自行进剿”。康熙批准“专征”之后，施琅大受鼓舞。由于康熙的支持，施琅在攻占澎湖、招抚台湾时，进展便比较顺利。施琅不但军事指挥得当，而且招抚郑氏集团，采取的策略也十分高明，没有掺杂半点报私仇的杂念。当一些部众劝他对郑部“急扑灭之，以雪前仇”时，他说：“吾此行上为国下归民耳，若其衔璧来归，当即赦之，毋苦我父老子弟幸矣！何私之为有？”由此可见，他能顾全大局，以国家利益为重，同时也减少了进军中的许多阻力，尽可能地团结了郑氏集团。
