由台湾“文建会”、台湾历史博物馆、台湾大学图书馆、远流出版合作的《台湾史料集成》计划启动7年来，已累积逾1.8亿字史料，其中《明清台湾档案汇编》110册已全数完工。计划负责人成大教授吴密察表示，多达1.4亿字的资料，将让研究台湾史的史料基础完全改观。
据台湾《中国时报》报道，吴密察表示，过去研究台湾史只能参考上世纪六十年代由台湾银行经济研究室编辑出版的《台湾文献丛刊》，当时只有约4000万字资料，经过这次计划，扩增为1.4亿字。
从光绪十年到宣统二年这20多年间，台湾发生了什么事？最新出版的《台湾史料集成：明清台湾档案汇编》第五辑中，清朝 军机处 的洋务档及议履档首度被整理出版，在这些珍贵档案中，可见台湾被割让给日本的命运就在字里行间被决定；时任海关总税务司的英国人赫德私下和驻伦敦办事处主任金登干的电报往来，评论当时清朝政策及国际情势，相当特殊。
《台湾史料集成》计划发起人、成大台湾文学系教授吴密察表示，台湾史近年被称为显学，但可供参考的史料少得可怜。所幸台湾相关官方档案因清代的奏折制度被保留下来。这些以往只能在两岸故宫档案室、中国第一历史档案馆查阅的秘档，终于完整呈现在世人面前。
《明清台湾档案汇编》第五辑记录着 中日战争 及 中法战争 等重大事件。公元1894年甲午战败，从奏折上可看到谢隽杭等大臣上奏朝廷，要 李鸿章 、李经方父子负责到底。最后官方决定派李经方前往办理割让， 李鸿章 怕李经方有生命危险，替儿子请病假。
对这件事，军机处特别以电报叫李氏父子别乱来，公文写道：“电 李鸿章 ，李经方因病解差，已奉旨，仍令迅速前往，…如自固辞，必干严谴，甚勿率行渎请。”用辞相当严厉。
李鸿章敢怒不敢言，只把感觉告诉与他有私交的 美国 前国务卿科士达。科士达在日记上写道：“傍晚得到北京的通知，已任命李经方为全权委员。总督（李鸿章）对此非常生气和吃惊，这表明北京感兴趣的是把人们对条约的全部憎恨都加在他和他的亲属身上。”这段经过完整呈现于《明清台湾档案汇编》。
发生在1883年至1885年 中法战争 ，是清朝与法国为越南主权而爆发的战争，战场延伸至闽浙沿海及台湾澎湖，双方虽各有胜负，最后仍签下不平等条约。
海关总税务司的英国人赫德发给和驻伦敦办事处主任金登干的“私人电报”显示其中的不寻常。赫德表示，“法国在基隆、福州的行径，我只能称之为一连串恶毒的、不必要的、不公正的、毒辣的屠杀，我深信老天将给他们报应。”
对之后的 中日甲午战争 ，赫德也发表不少评论，更用刻薄字眼骂日本人，像是“矮小好斗的日本公鸡引吭鸣啼…，这些会拍马屁的矮机灵鬼装作是开玩笑，而教练日本像公牛那样横冲直撞的，是崇拜他们的 美国 佬。”
