历史对忽必烈而言，李璮事件的发生表明，自金末以来尽专中原兵民之权的大小世侯，无疑是新王朝有效地巩固和强化自身统治的极大障碍。虽然公开称叛的只有李璮和个别响应者，但曾与李璮互相交通、非议朝政的诸侯为数并不少。为“潜销诸侯之横”以除后患，忽必烈当机立断，以“惩青徐之乱”为由，采取了一系列削弱世侯势力的措施：
一、在各地实行兵民分治的制度，避免地方长官集军、民之权于一身。中统三年十二月，诏“诸路管民官理民事，管军官掌兵戎，各有所司，不相统摄”（《元史·世祖纪二》）。至是，诸路军民总管，正式转变为只理民政的官职即路总管。诸侯如真定史氏、保定张氏等，都一度被削去军权，保留的都是文职。
二、至元元年（1264）十二月，罢各地管民官世袭，立迁转法，收世侯符节，易地为官；死后，其子孙按荫叙法授官而不再承袭父职。
三、对一家有数人居于要职的汉地世侯，规定兵民之权不可聚于一门，诸侯总兵者，其子弟勿复任兵事。制下，史天泽子侄同日解兵符者十七人。朝廷宣称这是“务裁诸侯权以保全之”。
四、中统四年五月，立枢密院，以皇子真金兼判枢密事，统一调度侍卫亲军和各地的蒙古、汉军万户。由是确立了千户、万户——统军司（分立于河南、山东）或元帅府（立于东西两川等地，后亦改为统军司）——枢密院的指挥系统，把军权集中控制在中央政府的手中。
上述措施的推行，不仅较为有效地抑制了汉地世侯的割据势力，同时也在行政和军事两大系统内，使专制主义中央集权制度的各主要环节基本上得以互相衔接，整合为一体。在这样的基础上，中统后期和至元之初，忽必烈加加快了按中原封建王朝的传统模式进一步完善新政权的步伐。中统四年升开平府为上都。至元元年下诏，按前年议定给官员俸禄，颁公田，考殿最，定官吏员数，分品从官职。同年，改燕京为中都，定中外百官仪从，设翰林院。二年，依诏命省并州县，共省并地方建制二百二十余处。三年，正式实施对京、府、州、县、司官吏颁给官俸职田的制度。四年，始于中都东北营建新都城。八年十一月，下令禁行自国初以来用以折抵量刑的金朝刑律《泰和律》；以建“大元”国号诏颁天下。九年，改中都为大都，确定以大都为国家首都。从此，中书省、御史台、枢密院均置于大都，省台大员随皇帝巡幸上都时，则置分省、分台于彼。两都畿辅，成为国家的“腹里”之地。忽必烈明确宣布：“山以南，国之根本也”（《元史·董文炳传》），以之与“太祖皇帝肇定区夏，视居庸以北为内地”两相对照。可以看出，忽必烈的观念，与乃父乃祖相比已经发生了多么深刻的变化。
在北方的封建统治秩序渐趋稳定的同时，攻取南宋逐渐被提上元朝政权的议事日程。
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