历史从成吉思汗建立大蒙古国算起，元代官制形成及确立的过程可以分为三个发展阶段：以治理游牧部众为主要职能的草原官制阶段（1200年起）；以草原官制为核心而对各征服社会施行军事一行政间接统治的混合官制阶段（1210——1250年）；继承中原汉制的基本形式、同时又保留着诸多蒙古旧制成份的中央集权的官僚制阶段（1260年起）。
1204年，在与漠北最后一个强大对于即乃蛮塔阳汗部会战之前，业已奠定“合汗”地位的铁木真，按千户、百户编制对所属游牧部众进行了统一整编。1206年铁木真正式称汗，遂在原先划分过的千户、百户基础上，将大蒙古国的全体游牧民编入126个千户、百户组织里。在这种军事一行政联合的统治体制下，很大一部分非孛儿只斤氏出身的旧部族贵族和成吉思汗功臣，取得了“明安讷那颜”（minggh an-u noyan，译言千户长）或“札温讷那颜”（jaghun——unoyan，译言百户长）的地位，成为替黄金家族管理和指挥领属部众的军事——行政官员。这些职位一般可以世袭。
根据蒙古高原的游牧分封制，对全体蒙古游牧民的领属权，像家产一样在黄金家族的内部进行分配。成吉思汗诸弟诸子，各分得一部分千户、百户作为领属部众，从而建立起各自的兀鲁思（ulus，由份民份地构成的具有一定自主性的*单元），构成大兀鲁思内的“右手”诸兀鲁思和“左手”诸兀鲁思；大多数千户、百户则由大汗直接统领，称为“在内的兀鲁思”（qol-un ulus，或译作中央兀鲁思，“内地”）。按成吉思汗规定，无论是属于诸王兀鲁思还是中央兀鲁思的千户、百户那颜，其职位的封授、褫夺或承袭，都须由大汗汗亲自决定。但在诸王兀鲁思中，这项权力后来实际上转移到该兀鲁思汗的手里。千户长之上，又设左手、右手和中军三个万户长，是为分别辖制东翼直到今大兴安岭、西翼直至阿勒泰山，以及处于东、西两翼之间的中部诸千户的军事统帅。
在中央兀鲁思的汗廷内，最高的执政官员是札鲁忽赤（“断事官”）。蒙语札鲁忽（jarghu）译言法庭、听讼，所以早期汉语公文也有将札鲁忽赤直译为“断公事官”、“勘事官”的。实际上，大蒙古国时期的札鲁忽赤不止是司法行政官，而且是“总裁庶政”，全面负责户籍、赋役、狱讼和监察等事的最高行政长官。在断事官机构中，协助札鲁忽赤草拟文书、计点财赋、校阅户口青册的，则是称为必闍赤（bichikchi）的文书官。窝阔台三年（1231）“改侍从官名”，大必闍赤分别被授予中书令、中书省左丞相、右丞相等汉语称号，但它们不过是蒙古制度成份的官方汉语译名而已。草原体制下蒙古中枢机构的基本制度形式并没有改变。从后来的制度看，在蒙古高原以外被征服地区领有份民份地的各支诸王，也有权委任管辖本位下封邑事务的札鲁忽赤；他们还经常与大汗任命的治理该被征服地区的札鲁忽赤同署国事。惟成吉思汗时代草原国家中是否已存在诸王断事官制，尚不克知悉。
除了断事官机构外，怯薛也承担着大汗政府的部分重要功能。以千户长、百户长及富裕游牧民子弟及其随从构成的万人怯薛部队，是由大汗直接指挥的一支极具机动性的庞大常备军和中央禁军。它按四番轮直、三日一更的次第警卫大汗宫帐，并经管大汗冠服、弓矢、饮食、文史、车马、庐帐、府库、医药、卜祝诸事。蒙古制度不注重家政和国政的区别。大汗左右这些“服劳侍从执事之人”，多以亲信身份参与到汗庭处理政务的各种活动中去。他们经常被委为特使，到各地传达大汗政令或探访形势，或者作为对外使节出访邻国。当值的四怯薛长官，按例要参加御前会议，参定国是。在札鲁忽赤机构里也有怯薛代表“奉官署事”。轮值怯薛长经常利用侍奉大汗的机会，在各种非正式场合对大汗的人事、行政等各种决策施加影响。怯薛军还是大蒙古国军事、行政官员的储备队。
自1210年代后期末起，随着成吉思汗对南面和西面各毗邻地区发动的一系列大规模的军事扩张，统治地域很快超出了蒙古高原的范围。对西域的征服从一开始就在成吉思汗的亲自统率下进行，军政事务由大汗直接决定：中原地区的经略则自1217年起交由木华黎全面负责。这样，木华黎的“军政府”就成为全权统治蒙古本部以外地区的最早建立的一个最高级军事-行政机关。他当时接受的官号为“太师”、“国王”（《蒙鞑备录》作“权皇帝”）、“都行省”。他的行帐，当设在今河北张北西南境的边城谢近。
木华黎受命的时候，对于中原汉地的军事征服，还远远没有完成。他的职责中最主要的方面，应当是军事性质的。他又拥有“都行省”的官号，这表明他在行政方面也兼有号令各汉人世侯“行省”（详下）的权力。在此前后，还有坐镇燕京的札八儿火者拥有“黄河以北铁门以南天下都达鲁花赤”的官号。但他的监临范围，实际上似仅限于旧金中都路地区。
