番僧中最恶者，当属杨琏真加。忽必烈时代，此人被任命为“江南释教总统”。这位杨琏真加“怙恩横肆，势焰烁人，穷骄极淫，不可具状”。他最大的“功劳”，是在元世祖默许下，发掘南宋诸帝陵寝。穷刨深掘后，杨琏真加盗尽南宋陵墓内的珍宝，然后把诸帝尸骨混在一起，又杂置牛马枯骨埋于地下，上筑一塔，名曰镇南塔。而且，密宗习俗，“得帝王骷髅，可以厌胜致富”，所以，南宋诸帝的头盖骨，均被杨“总统”挖出镶金嵌银当成洁器和酒器。特别是宋理宗尸体，由于传说中他嘴里有大粒夜明珠，被杨琏真加派人倒悬于树上，沥干水银后，遍剖胸腔头部，探找那只大珠子。除南宋诸帝陵外，杨“总统”连南宋旧臣的坟墓也不放过，共掘坟一百一十一处，彻头彻尾一个“掘坟贼”。杭州任上，杨琏真加“受人献美女宝物无算，且攘夺盗取财物，计金一千七百两、银六千八百两、玉带九、玉器大小百十有一、杂宝贝五十有二、大珠五十两、钞一十一万六千二百锭、田二万三千亩，私庇平民不输公赋者二万三千户（赋税直接交他）……”这些“罪状”，只是他贪渎的很小一部分，“他所藏匿未露者不论也”。对此，元廷的处理也只是“籍其妻孥田亩”，抄家了事，没过多久就把杨琏真加放了。现在，杭州灵隐寺内那些山上不伦不类的石佛像，皆是当年杨“总统”的杰作。
对于宗教，忽必烈其实也是一个彻头彻尾的实用主义者，只要对他“有用”。信奉什么都可以，前提是必须为蒙古统治服务。看似开明的宗教政策，实则蕴含勃勃杀机。举例讲，忽必烈对伊斯兰教大力扶持，但当有基督徒告诉他《可兰经》中有“尽杀一切多神教徒”时，他登时青筋暴露，马上找来大都的伊斯兰教士（蒙语译为“答失蛮”）询问此事是否属实。其中一名教士回答说确实有此类记载。忽必烈冷笑：“真主既然命令尔等尽诛异教徒，奈何尔等现在不立时杀尽他们呢？”此教士傻不拉叽回答：“时机未至，吾等尚缺尽诛异教徒的手段。”忽必烈大脸一沉，怒叱道：“我倒有此手段！”立命卫士把回话教士的脑袋卸掉。同时，他对回回人割喉杀羊的习俗和其他饮食习俗也十分不满，表示：“此辈乃我大元奴属，饮食敢不随我朝乎！”同时下令，敢有再以断喉法宰杀羊只的，将被以同种方式处死。
虽如此，由于元朝回回人能经商致富和为蒙古人敛财，仍旧大受信任。特别是阿合马专政二十年，援引同类，回回人的势力更是渗透到帝国各个角落。值得注意的是，阿合马本人似乎并不是虔诚的伊斯兰教徒。
在宗教方面，忽必烈也擅长在各教之间搞制衡。乃颜叛乱失败后，望见战场上狼藉遍地的顶端饰有十字架的乃颜部军旗，元军中的伊斯兰教徒欢呼：“看吧，跟随这种宗教的人，已经被歼灭了！”忽必烈闻言，坐在大象背上顿发雷霆，发表高论，指出乃颜的失败，正是他叛逆之行激怒了上帝，所以才遭严惩。“上帝”是不能被冤屈的，上帝不会站在乃颜这种谋逆之贼的一边。所以，每逢复活节等节日，忽必烈总是装出一脸虔诚，与基督徒们一起举行宗教仪式，像模像样，收买人心。从他对马可·波罗一家的厚待，可以看出忽必烈对基督徒确实有好感。这些人不仅能向他贡献各种异宝奇珍，又能向他讲述各种奇闻佚事和蒙古人未到之地的风土人情。
忽必烈时代，中国的本土宗教道教最为沦落。邱处机死后，全真派随着教长的死亡一蹶不振。特别是二次佛道大辩论，倾向性明显的忽必烈彻查道教徒伪造道经之事，并下令当众剃掉参与辩论的道士头发，迫其为僧，狠狠羞辱了这些“仙风道骨”的道徒。当然，道教中的正一道“天师”张可大由于在忽必烈攻南宋鄂州时献过媚言，说“王爷后二十年当一统天下”，忽必烈记之于心。大元建立后，张可大已死，忽必烈便把其子召至大都封官晋爵，派他主持江南地区的道教事务。所以，忽必烈本人身上“萨满教”的蒙古人心性十分明显，对于谶言、巫术、烧骨、施咒等等怪力乱神最感兴趣，教门义理倒成为次要。除正一派外，北方的太一道因能为皇帝“祠醮”，也一度大受青睐。总体而言，元代社会中，汉人本土宗教道教颓势明显，连遭打击。且一蹶不振。到了清朝，异族入统中原的帝王们与元帝一样崇佛，道教更是被排挤得几无立足之地。
值得一提的是，蒙古人对亚洲特别是中西亚的伊斯兰化，做出了很大的“贡献”。以伊儿汗国为例，旭烈兀与其蒙古、突厥上层统治集团曾到处残杀迫害伊斯兰教徒。但是，到他曾孙合赞汗统治期间，为了能使宝座稳固，合赞汗下令全体上层蒙古统治集团及军队将领、士兵全部皈依伊斯兰教，由此，波斯大地彻头彻尾变成了伊斯兰地区。昔日存在的多种宗教，几乎全为一种宗教所代替。这种局面，如果不是蒙古人的铁血政策，单靠宗教本身的力量，不可能如此快地“立竿见影”。在汉地，忽必烈并未被儒臣说动“以夏变夷”，伊儿汗国和金帐汗国蒙古统治者却被当地征服者同化。同化后，他们靠强力使广大地区泛伊斯兰化。世界历史上最饶有趣味的一个现象是：一个地区一旦伊斯兰化，就会永远伊斯兰化。可悲的是，强力的合赞汗死后，伊儿汗国迅速衰落，军事帝国的弱点很快把汗国带入坟墓。而他推行的伊斯兰化，不过是为他人做嫁衣而已。
