JAS-39 的电子系统拓扑图为了与其它国家的飞机进行协同作战，“鹰狮”飞机还将安装新型的通讯系统。这种新型的通讯系统称为“通讯与数据链
39”（CDL39），是“鹰狮”飞机新型战术无线电系统的组成部分，第二批的最后 20
架飞机和所有的第三批飞机都将采用这种无线电系统。以后还将使用洛克韦尔-克林斯公司（Rockwell-Collins）的全电子抗干扰电台
Ra90，这将进一步提升飞机的“战术信息数据链系统”（TIDLS）。电传飞行控制系统电传飞行控制系统具有许多优势，可以对飞机的响应进行编程控制，降低飞机对构型和载荷的敏感性，也可以使飞机具有动态俯仰不安定度，从而提高飞机的机动性。另外，通过自动限制飞机对飞行员操纵输入的响应，使飞机具有所谓的“无忧虑”操纵特性。在整个飞行剖面内，驾驶员可以集中精力关注战术态势和任务系统。与传统的机械式操纵系统相比，电传操纵系统最明显的优点是，其本身的重量很小。当然，电传系统也有其内在的不足之处。电传操纵系统的设计要经过严格仔细的验证，目前仍处于发展的前缘。1993 年 8 月 8 日，第一架生产型飞机 39.102
号机在飞行试验中不幸坠毁，所幸的是没有人员伤亡。这已经是“鹰狮”飞机的第二次事故，从而引起人们对该项目的疑虑。“鹰狮”飞机的第一次事故发生在 1989 年 2 月 2 日，是在 39.1 号机进行第 6
次飞行时发生的。在平静无事飞行之后，在着陆滑行过程中，飞机突然偏离跑道，并发生水平急转弯，一个起落架支柱被折断，无人员伤亡。事后分析表明，事故原因是由于飞控软件俯仰回路中存在设计缺陷，产生了驾驶员诱发振荡。飞机对驾驶员指令的响应过于迟钝。
