最重要的中段机身机翼的弯曲力矩通过 3
个小间距的隔框传向机身，只在前缘翼根处有一个辅助安装节，考虑到三角翼的翼根弦长较长，这种设计是令人惊奇的。其原因是，主机身隔框受主起落架舱和发动机检测门的限制。F404
发动机是从机身下部装拆的，这是为了在拥挤的航母上方便地更换发动机。这种情况迫使 Saab 公司设计了一个强度很高的翼根加强筋，将机翼的弯曲力矩集中传递到机身上。
机身与机翼对接过程JAS-39 飞机的一个设计特点是它的侧铰座舱盖，比较特殊的是它是在左侧铰接的。为什么 JAS-39
飞机与其它的飞机不同，采用侧铰座舱盖，至今仍是一个秘密。传统上，飞机是从左侧登机的，与骑马相似。在早期的飞机上，为了方便登机，在飞机的左侧都设计有脚蹬。双座的
JAS-39B 有所不同，采用了两个蛤壳式的座舱盖。JAS-39“鹰狮”毫无疑问是一架“瑞典造”的战斗机，但是为了降低研制风险、减少研制费用，也有多家外国公司参与了飞机的研制和制造。除了采用美国通用电气公司的
F404-400 发动机外，还采用了英国 AP 精密液压公司（AP Precision hydraulics，UK），英国亥枚提科工程公司（Hymatic
Engineering，UK）的环控系统，英国鲁克斯航宇公司（Lucas Aerospace，UK）的风挡和座舱盖，德国茅瑟-韦科公司（Mauser-Werke，Germany）的
27mm 加农炮，马丁-贝克公司（Martin-Baker）的 S10LS