1938年3月2日晨，林彪在山西浓雾中被枪弹击伤，王耀南命警备连反击，掩护林彪撤退。后王耀南奉罗荣桓之命，护送林彪赴延安治疗。3月8日，有十余里山路，担架不能通行，王耀南坚决否定后撤的请求，扶起林彪，让警卫员们轮流背着林彪直到黄河边，使林彪及时到延安得到治疗；1955年，王耀南在授衔后，因病休息。1960年林彪找王耀南谈话，林彪说：你还没有死，还能动，活着要干，死了算。随后王耀南被任命为工程兵司令部副参谋长。
1969年10月1日，林彪在天安门接见王耀南时，问到王耀南的工作情况时说：你还当副参谋长不妥。
1970年，经林彪提议，毛主席批准，王耀南任工程兵副司令员。
刘伯承重用王耀南
1933年11月，红军大学校长刘伯承调王耀南到红军大学任工兵主任教员，期间总参谋长刘伯承命王耀南、康克清等学员以总部代表名义去兴国检查工作。他们发现了兴国防御工事存在着严重的技术问题，提出纠正的办法，受到刘伯承的表扬；1935年初，红军长征在四渡赤水战役时，红军总参谋长刘伯承对毛主席说：只要王耀南有烟抽，红军没有过不去的坡，只要王耀南有酒喝，红军没有过不去的河；1936年10月，长征后期三大主力红军会师前，他奉周恩来之命，率部接应随同四方面军北上的刘伯承。王耀南带工兵连经过几天努力寻找，在草地边沿的华家岭以东三十余里的小村庄附近找到了刘伯承及夫人汪荣华和他们的两个警卫员；1939年初冬，一二九师师长刘伯承调王耀南到太行山根据地反击日寇的“囚笼政策”。王耀南提出炸桥破路的方案。
聂荣臻重用王耀南
百团大战时，在聂荣臻的坚决要求下王耀南带工兵干部赶赴晋察冀参战：
在娘子关，王耀南指挥工兵利用山体断层的地质特性进行大爆破，造成娘子关隧道大塌方；在井陉煤矿，他动员矿工带领工兵炸毁了煤矿的关键部位和大量设备，摧毁矿井；在平汉铁路，他指导工兵带领民兵对铁路拆除，燃烧、爆炸……，当他赶回八路军总部才知道此次战役我军投入兵力已超过100个团，已被彭德怀定名为百团大战；当年冬，聂荣臻向朱德报请调王耀南到晋察冀推广“地雷战”；1942年初春，王耀南指出：光能藏不能打，光挨打。他要求将藏身洞改造成能打、能藏，防毒、防水、防挖、要能安全撤出，并与高房工事、地堡及村外工事相结合的作战地道。
日本投降后，王耀南接到聂荣臻的命令返回张家口市，指挥工兵消除日军在张家口市设置的爆炸物，排除日军在张家口附近埋设的地雷。