2009年国际泳联短池世界杯赛瑞典斯德哥尔摩站，为菲尔普斯今年7月罗马世锦赛后参加的第一项赛事，同时也是自2006年以来首次在短池比赛中亮相。
当地时间10日进行的比赛中，菲尔普斯共参加了三项角逐，仅在100米个人混合泳收获铜牌，100米自由泳和100米仰泳均未能晋级决赛。
次日200米个人混合泳决赛，菲鱼游出1分53秒93摘得银牌，但在100米蝶泳未能进入决赛。“我还没完全恢复系统训练，1分53秒并不是很差。”美国人在200米个人混合泳赛后表示。他同时承认此役自己表现一般，“我不想仅停留在‘还可以’，希望游得更好。目前最重要的是稳定性，我会继续努力，(教练)鲍勃(布曼)可以帮我。”
此外，由于高科技泳衣将于明年1月1日起被禁止使用，本次短池世界杯斯德哥尔摩站比赛，其他选手仍在继续使用鲨鱼皮泳衣，菲尔普斯选择了着普通泳衣参赛。
