本病主要采取支持疗法与对症治疗。
(1)急性期应卧床休息。
(2)饮食应限制纤维素摄入，避免进食麸质、牛奶及乳糖。腹泻严重者采用不含麸质和乳酸的要素饮食，可望取得良好的效果。
(3)由胆盐吸收不良引起的腹泻，口服胆酪胺可得到显著疗效，乙酰水杨酸常能有效地缓解腹胀和腹泻，这可能是由于抑制了前列腺素E合成之故。石榴皮煎剂(石榴皮30g，加水200～300ml，浓煎至50ml)，每日一次口服具有收敛作用，也可试用于腹泻者。
(4)急性损伤时，应用苯乙哌啶、阿托品、普鲁苯辛等药物常有助于缓解症状，但需谨慎用之。有显著里急后重和直肠疼痛者，可应用2%苯唑卡因棉籽油和微温石蜡油作低位灌肠或温水坐浴。琥珀酸氢化可的松50mg，加入200ml温盐水中作保留灌肠可用于左半结肠及直肠炎，但需注意皮质激素有抑制纤维化反应的不良反应。国内试用α2巨球蛋白治疗放射性直肠炎，疗效良好。隔日肌注α2巨球蛋白6ml，或每日肌注3ml，1～2周后改为隔日肌注3ml，持续2个月为一疗程，用药后粘膜出血和疼痛明显好转，溃疡趋向愈合。
(5)肠出血者，可在内镜直视下压迫止血，或使用止血剂，以去甲肾上腺素4～6mg或新福林10～20mg，加入200ml温盐水中保留灌肠。经上述措施仍不能控制，可采用经导管动脉栓塞治疗或手术治疗。
(6)严重腹泻、吸收不良和明显消瘦者，可予以静脉高营养疗法。可用脂肪乳剂、复方氨基酸、人血白蛋白、安达美等静滴，并加强对脂溶和水溶性维生素的补充。严重贫血者可输血。
(7)由于小肠感染引起的吸收不良，可口服抗生素。
(8)肠狭窄、梗阻、穿孔、瘘管等后期病变，经内科正规治疗无效者，需及时手术治疗。远端结肠病变，可作横结肠造口术以达到永久性或暂时性粪便改道，直肠阴道瘘可自发关闭或作横结肠造口术后关闭。某些有严重盆腔性疼痛的晚期患者，如药物治疗无效，可考虑行骶前交感神经切除术。
