由于艾滋病复杂而多样的症状，在临床上与其它许多疾病常表现出相似的症状，而易造成误诊，故在诊断艾滋病时应注意加以鉴别。
发热、消瘦、疲乏、无力，这些表现艾滋病病征的现象需和其他感染性病（如结核病、沙门氏菌属病等）、自身免疫性疾病（如红斑狼疮）、胶原性疾病、血友病的某些类似症状相鉴别。
淋巴结肿大，需与引起淋巴结肿大的卡波济肉瘤、淋巴瘤、何杰金氏病、淋巴结核、血友病相鉴别，尤其应注意与近年来在同性恋中发现的良性性病性淋巴结病综合征（GINS）相鉴别。
皮肤改变，艾滋病病人多发生的荨麻疹、全身性搔痒症及尖锐湿疣、接触性软疣等需与伴皮肤改变的卡波济肉瘤、皮肤粘膜紫癜、白血病的某些皮肤症状相鉴别。
艾滋病能通过性接触传播，它所表现出的皮肤粘膜表征需与其它性病相鉴别，如淋病、梅毒、软性下疳和性病性淋巴肉芽肿等，但上述这些性病都有明显的局部症状及特异的检测手段，且治疗也相对容易，无艾滋病所特有的免疫学改变，也是鉴别要点之一。
艾滋病的血液学与免疫学的改变需与单核细胞增多症，以及使用免疫抑制剂和其它原因引起的免疫抑制疾病的鉴别。
在艾滋病早期表现出的疲乏、抑郁、嗜睡等症状尚需与称为"假性艾滋病综合征"的精神症状相鉴别。另外，在儿童艾滋病诊断时，也需注意与儿童发育迟缓症等相鉴别。
在艾滋病发展的今天，由于各国科研医疗机构的高度重视，特别是在发达国家，一旦发生可疑为艾滋病感染的人，通过多种检测手段能迅速确定是否感染艾滋病；在医疗水平、检测手段落后的国家和地区，对艾滋病的确诊与鉴别存在相当大的偏差，这就需要医务人员对艾滋病有明确的认识，同时对可疑对象，抓紧并反复进行检测，以免发生诊断失误.
