非典型肺炎与一般肺炎（如同细菌引起的大叶性肺炎或支气管肺炎）有相似的地方，其症状可为发热、咳嗽、胸痛全身酸痛、肺部阴影等，总体表现与一般肺炎主要症状很相似。
然而，它们也有不同之处：
①非典型肺炎常表现不同程度的传染性，短期内形成不同范围、不同程度的流行；一般肺炎不形成流行传播，传染性小。
②由于非典型肺炎病原体的相对不确定性，使其表现总有极其特殊的部分，特别是全身中毒症状重而突出，呼吸变化多而明显，易出现呼吸衰竭；一般肺炎的病原体常为细菌，可以很快查明，表现相对规律，易于预测和把握。
③非典型肺炎有一部分在治疗和预防上目前没有十分有效的治疗药物，特别是病毒引发的非典型肺炎；一般现炎对抗生素等药物敏感，治疗有良好效果。
④一般肺炎可因细菌毒力极强而引发死亡，如金黄色葡萄球菌肺炎、链球菌肺炎等，但其主要发生在体质或抵抗力较差的人群，其严重程度也也人体体质关系密切；非典型肺炎同样也存在相似诱在，发病也也体质密切相关，但并没有一般肺炎那么突出。
⑤非典型肺炎可出现突发的大量内霉素血症引发患者死亡，并且不易被控制；一般肺炎的病情变化较容易预测，预后也较易预测。
⑥在科学研究中，一般肺炎比非典型肺炎在各方面的研究都清楚得多，这也与非典型肺炎的不确定性有直接的关系。
⑦非典型肺炎死亡率明显高于一般肺炎的死亡率。
