儿童轻度的内、外隐斜眼不会引起眼睛不舒服，斜度高的才有眼睛不适。垂直性隐斜眼有较明显的眼睛不舒服，旋转性隐斜眼几乎都有症状，隐斜眼的症状也与全身健康情况、精神状态等因素有关。隐斜眼常可出现以下症状。
久视之后常出现头痛、眼酸痛、畏光，这是由于持续使用神经肌肉的储备力而引起眼肌疲劳。
阅读时出现字迹模糊不清或重迭、串行，有时可出现间歇性复视，间歇性眼斜，如果用单眼看反而觉得清晰、省力等，双眼视觉紊乱。
立体感觉差，不能精确地判断空间物体的位置和距离。隐斜眼还可出现神经反射性症状，如恶心、呕吐、失眠、结膜和睑缘充血等症状。
