海关总署是中国海关的领导机关，是中华人民共和国国务院下属的正部级直属机构，统一管理全国海关。海关总署机关内设15个部门，并管理6个直属事业单位、4个社会团体和3个驻外机构。中央纪委监察部在海关总署派驻纪检组监察局。
中华人民共和国海关是国家的进出境监督管理机关，实行垂直管理体制，在组织机构上分为3个层次：
第一层次是海关总署；
内设21个司局，包括关税司、政法司、办公厅、监管司、缉私局，还有一个厅局级的事业单位，如海关出版社、服务中心、信息中心、数据中心等等。
第二层次是广东分署，天津、上海2个特派员办事处，41个直属海关和2所海关学校；
全国各省、市、自治区都设有直属海关，其中广东省有7个直属海关，福建、内蒙古、辽宁、浙江都有2个直属海关。
山东的济南海关和江苏的苏州海关想独立，结果没有独立了，现在分别受青岛海关和南京海关管辖。
2所海关学校是上海高等专科学校和秦皇岛海关培训学校。
第三层次是各直属海关下辖的562个隶属海关机构。
此外，在布鲁塞尔、莫斯科、华盛顿以及香港等地设有派驻机构。中国海关现有关员（含海关缉私警察）48000余人
