清军在作战中陆续收降明军，多达几十万人，不可能继续依照八旗建制。降军另行编组，旗帜概用绿色，因此被称为绿旗兵。绿旗兵以营为主要的基层编制，因而又称为“绿营”。
绿旗兵的编制，大体上是省设提督，省内重地设镇，由总兵官统领。下设副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总等官职。总督、巡抚等地方官员节制绿旗官兵。总督、巡抚、提督、总兵官，各有几营标兵（督标、抚标、提标、镇标），专备调遣。副将所属官兵称“协”，驻守要地。参将至守备所属官兵，都称为“营”，防守城邑、乡镇，守兵称为“汛”，驻防巡逻的地区称“汛地”。京城设巡捕三营兵共有五千余人（后增至万人），由步军统领兼辖。全国共设六十六个镇（总兵官），约有绿旗兵六十万人，是清朝的重要支柱。“三藩”战争中先后被调遣作战的绿旗兵即有四十余万人。
“三藩”战后，康熙帝对各地绿旗兵制作了下列改革：
（一）绿旗兵的将官由兵部任免，提督、总兵等大员，兵部开列，请旨简放，后来副将也改为开列。参、游、守备等官，边疆及省会冲要地方由督抚提镇拣选才技优长、谙练地方的人员题补、调补，其余各缺由兵部推升；千总、把总由督抚提镇拨补。这就在全国范围内建立起升调制度，兵部掌握军事行政大权。将官不能世守一方，统率一军。“三藩”战争中立有大功的赵良栋，也被调离原领的绿旗。
（二）将领升调，不准携带兵丁。康熙《会典》规定：“凡擅带营兵：提督、总兵官等升任别省，将本省营内经制兵丁带赴新任者，十名以下罚俸一年，十名以上于现任内降一级。”将领不能再豢养自己的私人武装力量，明末军队中的家丁亲兵制度被废除了。
（三）将帅调兵，需要呈报皇帝批准。康熙《会典》规定：“若无警急，不先申上司，不待回报，辄于所属擅调军马，及所属擅发与者，各杖一百、罢职，发边远充军。”没有皇帝的“御宝圣旨”，将帅不能调动本部兵丁，兵权更集中于皇帝了。
康熙帝对绿旗兵丁也存有戒心，曾说：“凡地方有绿旗兵丁处，不可无满兵。满兵纵至粮缺，艰难困迫，至死断无二心。若绿旗兵丁，至粮绝时，少或窘迫，即 至怨愤作乱。”（《清圣祖实录》卷二七四）为加强对绿旗兵的控制，绿旗将官出缺时，可派满人补任。满洲八旗兵与绿旗兵共同作战时，绿旗官兵要接受八旗将领的指挥。
