最新的龋病病因理论认为，牙齿表面某些深窝沟，或者不容易刷洗干净的地方容易停留细菌。唾液中的蛋白质、细菌及食物碎属等在牙面上形成一层粘性薄膜，成为细菌生长繁殖的环境，此称为菌斑。食物中的蔗糖分子进入菌斑被细菌利用，可以分解成葡萄糖和果糖。这些糖被细菌发酵，产生酸，酸则将牙齿内的矿物质溶解，从而发生龋。也就是说：“蛀牙”是同多种因素有关，包括牙齿的质量、牙齿表面停留的细菌、糖、作用时间等有关。
刷牙的作用是去除牙齿表面和缝隙中存留的的食物残渣、牙垢、菌斑。菌斑中细菌是龋齿和牙周病发生的主要原因。刷牙防龋的重要作用在于通过使用含氟牙膏，牙膏中的活性氟能促进釉质再矿化，并增加牙齿的抗龋能力。若没有使用含氟牙膏，刷牙防龋的效果则会大大降低。
科学地讲每次吃东西后都应立即刷牙。因为食物残渣滞留在牙齿上、缝隙里，很快就会与茵斑上的细菌发生作用而侵害牙齿。若刷牙不认真，口腔内遗留的食物残渣仍可同细菌发生作用而引发龋齿。另外由于菌斑在牙齿上粘附较紧，若刷牙时间不够，也不能去除菌斑，牙膏中的氟也未能发挥较好作用。也就是说要保证刷牙的质量，适宜的牙膏，刷牙的次数，刷牙的时间和刷牙方法缺一不可。
对于牙齿发育薄弱的环节，如较深的沟裂和牙齿与牙齿相邻隐蔽的部位仅靠刷牙很难达到清洁防蛀的目的。而这些地方又是细菌容易附着生长的地方，需要另外一些防龋措施。对于较深的沟裂则可通过涂布一层粘性材料，保护牙齿不至于受龋蚀。对于牙齿的邻接面则需要用特殊的牙间清洁器，例如牙线、牙签、牙间刷和橡胶按摩器等去除牙间隙的菌斑和软坛，以弥补刷牙的不足。定期到医院做口腔检查对于保护牙齿、防止患龋也是十分必要的。
