不过费雪得到了消息，据说他女儿的车祸并非单纯的意外，为了追查真相，他循线来到了马尔他共和国内的城市瓦莱塔，企图找出真相。 Victor的这些话语可以视为是简单的「前情提要」，在同时镜头也转到了马尔他，本作的故事即将正式开始。
有位服务生走到了镜头前，送上了一组电话，而服务生所面对的对象，正是我们的男主角山姆费雪。
电话那头的是Anna Grimsdottir，通称「Grim」，在前几代的游戏都有登场，是第三梯队的重要人物，不过从这一段对话内容及口气可以看出这时的费雪完全不信任她。
不过Grim告诉费雪，有一队人马正前往费雪所在的市场，而他们的目标正是费雪，要费雪快点脱逃，看来费雪这次又遇上麻烦事了！
在追查女儿事故真相的同时，一个个的阴谋也慢慢的浮上台面，一连串的事件将牵涉到犯罪组织、恐怖行动、政府高层，以及费雪曾经为其奉献生命，如今却成最大敌人的第三梯队！不可否认的没有接触过前几作的玩家在进行本作时对于剧情上的融入感可能会较低，甚至游戏前期剧情以跳叙的方式进行，玩家得自己花点时间来整理一下脉络。但能够理解剧情的话，就会觉得整个故事如同电影般紧凑精彩，在系列作中将再次奠定一个关键的地位。
Visual Message
把文字融入在游戏本身的场景画面中以增加彼此之间的协调感，这是近年游戏相当常见的手法，像是《侠盗猎车手IV》、《暴雨杀机》等游戏的开头列出制作群名单时都有这样的设计，《细胞分裂：断罪》也使用了这种手法，不过可不是只有用来作为制作群介绍而已，而是将其与游戏做更进一步的结合。在游戏每个段落的开头，当前的任务目的或游戏提示都会出现在景物上，在游戏进行的过程中，随时也都可以按下BACK键让提示文字再次显示。
