台儿庄大战期间池峰城、孙连仲、田镇南将军合影（从左至右）
1943年2月，孙连仲任第六战区上将副司令长官，组织指挥鄂西会战，战胜日军横山勇部。1944年1月，被任命为第六战区司令长官，1945年5月，被选为国民党六届中央监察委员，6月转任第十一战区司令长官，并任河北省主席。10月10日他在故宫太和殿主持华北日军受降仪式。
抗战胜利后，孙连仲主持华北军政，在保定绥靖公署主任，北平行辕副主任，追随蒋介石打内仗一再受挫。1947年1月石家庄解放后，孙连仲提出辞呈，10月初转任总统府参军长，1949年3月，调任“总统府战略顾问”，未几便携着眷飞往台湾。1959年1月担任国防部中央后备军人指导委员会委员，1960年3月，任国民党中央委员会纪律委员会委员，1963年11月起，连续被聘为国民党第九至十三届中央评议委员。1964年他赴美游历，1972年被聘为国民党中央委员会考核纪律委员会委员。
1990年8月14日，孙连仲因肝癌病逝于台北市中心诊所，享年97岁。
