阎教授很喜欢把万历拿来和清朝的一些皇帝做对比。
先是祭祀天地，拿康熙和万历来对比说“祭祀天地是皇帝的头等大事。清朝 康熙皇帝 祭天时，走着到天坛，还要斋戒，以示虔诚。 万历皇帝 年纪轻轻的，既不祭天，又不祭地，更何况对待臣民呢？”
先不说万历年轻的时候，是既祭过天，也祭过地的；只是把这祭天地同对待臣民如何联系起来是否合适？
康熙祭祀天地或许很虔诚，他屠杀迫害起无辜平民来却也不手软，顺治末开端延续到他治下实行并强化了二十年多的沿海迁界，使得沿海平民流离失所，惨不忍言，无辜丧生的人数，葛剑雄主编的中国人口史清代卷里对此估计比较保守，但也达到几百万之多。三藩之乱，对四川百姓的屠杀是惊人的，此外江西百姓也被屠戮许多。康熙十八年，浏阳县知县曹鼎新说“自甲寅吴逆倡乱，……以至王师赫怒，整兵剿洗，玉石难分，老幼死于锋镝，妇子悉为俘囚，白骨遍野，民无噍类”[1]对康熙这类人的虔诚似乎不宜过度宣扬，阎教授对这种虔诚的赞扬和心仪有些不够理智！
还有其他一些上朝和接见大臣的对比“清朝皇帝每天要御门听政，就是每天要主持朝廷会议，以决重大国务问题。而 万历皇帝 竟然二十几年不理朝政，也不主持朝廷会议。”“清朝的皇帝以康熙为例，上午御门听政，下午经常是接见群臣，小到知县、知州、知府，大到巡抚、总督。 万历皇帝 是连大臣也不见，更谈不到知县、知府了。”
这种对比，我觉得并不合适。因为明代和清朝的制度就根本不同，皇帝的权力，受到的制约也都不同，比较根本不在同等条件下进行。就比如你不能拿君主立宪制下英国国王和清朝皇帝来做对比，这种比较是没有意义的。明代中晚期虽然不是西方意义下的君主立宪，但是皇帝的权力并不是如清朝那么大，则是事实！不仅国家大事上没有真正决定的权力，就是个人私事都不是能自己能完全做主的，没有足够的动力去管理朝政，也是可以想见的
明代的万历想立谁做太子都无法自己决定，而清朝会出现这种情况么？当然不会！明朝的内阁可以把皇帝的谕旨封驳打回，大臣可以用辞职来要挟皇帝，清朝有这样的情况么，当然没有！明朝的文官乃至民间的知识分子平民秀才可以控制舆论，可以群起对皇帝进行抨击，清朝会发生这样的事情么？当然不会。
关于清代与包括明在内其他朝代制度上的不同， 国学大师 钱穆曾经做过一些论述“要说 中国历史 上真正的专制政治，清代是第二个[2]。……大学士走不进南书房，便预闻不到军国要务。皇帝重要命令直接由南书房 军机处 发出。而且可以直接发给中央乃及地方各机关各行政首长。这在明代是不可能的，是违法的。明代皇帝命令必先分别发与六部 尚书 ，这相当于今之行政院的各部部长，不过明代皇帝像是自兼了行政院长而已。明代又在每一部 尚书 之下都设有专门的咨议顾问之类，谓之六部给事中，他们有权反驳皇帝命令，只要他们不同意，可以把皇帝上谕原封退回（事实上，明代的内阁同样可以反驳皇帝的命令）。这是沿袭唐、宋旧制而来的。清代又把这封驳权取消了。而且清代皇帝命令也不必一定经过尚书。关于兵事，可以直接发送于前方统帅，不经兵部。关于财务，可以直接发送于某一地方之行政首长，不经户部。而且皇帝命令可以秘密送出，此之谓廷寄上谕，密封，由兵部加封发驿。这又是破天荒未有之创制。”[3]
“在明代以前，皇帝正式命令不公布，亦算是违法的，而且也不可能。皇帝的秘密信件，绝不算是政府的正式公文，绝不能取得政治上法理的地位。但在清代是取得了。因此我们可以说，清代政治才真是一种君主专制的政治。”[4]
“……我们从这些地方看，就可看出清制之存心。明代是特别奖励大家发言，公开发言的。也不仅明制如是，历代都如是。只有清代才不许人讲话。这成什么制度呢？”[5]
由这些论述，可见明清在政治制度上就有许多根本性的不同。如果如 黄仁宇 认为万历怠工是因为他和大臣赌气，那么满清皇帝需要这样做么？根本不需要！
双方拥有的权力都不同，怎么能放在一个平台上来比较谁勤政，谁不勤政？？这样的比较是不公平的，如果把万历和明代中晚期的其他皇帝做比较，倒还有合理性。
