到3月中旬，双方在铁路管理的基本原则方面仍然存在较大差距。军管与铁路行政合二为一是战时提高铁路运输效率的有效办法，而铁路军管局则是中朝联合实行军管的具体组织形式。对此，朝方不便直接提出反对，而是自行成立了军事交通局，对铁路进行控制，还恢复了原管理局机构管界和部分工作（交通省21号令），实际上削弱和限制了军管局，使其无法完全行使职权。
为了尽快达成协议，周恩来作了妥协，除坚持“在联司指挥下设双方统一的军管司令部，统一进行抢修护路及调度车运”外，同意“在目前作战时期，朝鲜铁路行政仍需朝鲜交通相管辖”。对于中方的这个让步，金日成表示基本同意。
然而，在中方代表与朝鲜交通相朴义完逐项谈判时，朝方又提出了进一步要求：除铁路行政系统仍归交通省领导外，一、军管局仅负责制定计划，其作用只是对铁路运输进行检查和监督；二、铁路抢修工作另成立联合机构，委托交通省领导。这实际上等于取消了已经建立的中朝联合军管机构。
鉴于朝方在谈判中反覆不定，双方基本想法差距太大，中方代表深感问题复杂，关系重大，即使形成纸上协议，也难以改变实际状况，以至要求再派“有威望的得力干部来此慢慢谈判”。彭德怀亦无可奈何，提出将交通省的意见呈金日成，由双方政府出面解决，只求朝方能“确保军运如数完成，确定铁路管理和运输的具体办法”。
随后，针对朝方的三项原则，即铁路行政隶属朝交通省；成立中正朝副的联合军运司令部；成立中正朝副的统一铁道兵团司令部（即中方所说抢修司令部），高岗提出五点商榷意见：一、坚持对朝鲜铁路的军管制度，但可实行军事代表制，在联运司下设各级军事代表，中正朝副，军事代表对一切军运有最后决定权。
二、联运司设沈阳，派总代表驻朝交通省，监督军运计划执行。三、要求朝方保证联运司与其总代表及各级军事代表间电话畅通。四、成立统一抢修司令部，受联运司领导，同时受朝交通相及联运司指导。五、在朝中国员工受朝铁路局领导，其政治工作则受中国军事代表直接领导。
叶、张、彭据此与朝交通相再次谈判。除对抢修司令部领导权的归属问题尚未明确表态外，朝方基本接受了高岗的五点意见，但要求确定朝交通省对其所属各铁路管理局行使管辖权。关于运输问题，朝方同意原则上全部通车，由联运司审核批准军用物资和国民经济所需物资的运输比例。至于交通省及其所属各管理局，朝方请中国派人任副职。
双方商定，将谈判记录整理签字后，呈报各自政府批准。得此情况后，周恩来一方面要求中方代表最好争取能在记录中列入有关联合抢修司令部领导权的内容，一方面也只得同意叶、张、彭在记录上签字，并将全文带回北京。恰在此时，莫斯科的意见到来，扭转了局面。
