10月28日深夜，当台湾检方依袁斌夫妇涉嫌违反民用航空法，且在台湾无固定居所而向法院申请羁押获准后，“地检署”法警派了两部车，准备将袁斌夫妇分别送往桃园看守所和龙潭女监时，袁斌夫妇确定两人已无法关在一起时，眼泪随即从除梅的脸上流下来，而袁斌无奈地看了妻子徐梅后，也被送进囚车，两辆囚车就这样分向离去。
袁斌向台湾“检察宫”许炳文表示：夫妇俩愿意接受台湾司法制裁，并一起在台湾坐牢，并希望出狱后，在台湾服务，贡献个人技术专长。后来二人得知可能会被判重刑，而且服完刑后还会被遣返大陆，情绪都很低落。
10月28日17点30分，台湾“陆委会”在中正机场的过境旅馆内举行了记者招待会，向中外记者报告了整个劫机事件的情况。“陆委会”发言人表示：“劫持飞机是一种国际性的犯罪行为，不管劫机者是什么身份，是以哪种方式劫持飞机的，我们都将依法严办！”
劫机案发生后，立即在台湾各界引起强烈反响，要求对劫机行为予以严惩，台湾“立委”要求台湾当局尽快处理此事，不要让外界以为台湾是劫机犯的天堂。台北县“议员”赶到机场，手持写着“两岸要和平，反对劫机”等标语，表达他们反对劫机的立场，对于劫机犯，大陆海协要求尽快遣返劫机犯。此次劫机事件0台湾方面如何处理，已经引起两岸各界的高度关注。
