1942年2月18日，德国国防军统帅部第46号训令，要求在东方占领区加强和游击队的斗争，“集中从国防军各军种、党卫军和警察中抽调的合适兵力，迅速严厉、主动地打击游击队”。为了执行这个命令。德国人投入了相当庞大的力量。其中包括正规野战军地后方警卫部队、军事警察宪兵分队、各种内务警察部队，匈牙利军队的几个师和所谓的“当地部队”，以及德占苏联地区的所有其他德国人。他们主要负责警戒陆军后方的交通线、基地仓库、指挥所等等。另外，德军在后方的后勤和辅助人员，有时甚至还包括空军机场人员，也经常被用于反游击战。
德国陆军总参谋长负责统一指挥正规军战区的反游击行动。截至1942年4月，陆军作战地区已经为反游击战投入了8万人。野战军之外，根据鲁道夫赫斯的指示。从1942年4月开始，5个后备师（1942年5月前，东线实际部署了4个）和约5万人地后备陆军人员，也被送往德占东部地区。这些后备部队。一方面可以在必要的时候，为前线野战军提供补充。而在平时，则负责对付游击队。
党卫军以及警察头子莱因哈特海德里希和阿图尔奈比所管辖的普通党卫军和德国警察，也向东线派出了强大力量。在里加、明斯克和基辅，德国人分别设置了“东部及俄国北部”、“俄国中部”、“俄国南部（后来改为乌克兰）”党卫军和警察高级领袖，并以德国治安警察所属的部队为主干。这些部队不属于军队序列，却身着绿色军服，配备精良武器，以团营为编制单位，甚至还拥有装甲连。按照编制，1个警察团拥有3个营（每营约500人），有些还下属3个炮兵连或1个装甲连。在反游击战中，警察部队担负主动进攻清剿的任务。
据统计，仅1942年秋，德军就被迫抽调出15个野战师、10个保安师、27个警察团和144个警察营的兵力来对付苏联游击队。从1942年夏季起，苏联游击队牵制了苏德战场上德陆军兵力的10%左右。
1943年4月，为了彻底消除苏联游击队的威胁，给即将到来的东线春季会战创造一个稳固的后方，德军决定利用前线平静的有利时机，将一些野战部队暂时撤下来，加强反游击战的力量。这样，连同原有的警卫师在内，德国正规军用来对付游击队的兵力增加到了25个师。5月中旬，中央集团军群大规模反游击行动拉开了序幕，清剿的重点是布良斯克西南部。德军第2装甲集团军第47装甲军、第55军，第3装甲集团军和第4集团军，实施了代号“吉普赛男爵”、“魔弹射手”、“五月雷暴”和“友邻支援1、2、3”的行动。此次清剿，德军投入的部队除了2个警卫师以及大量后方警卫部队外，还包括从匈牙利步兵第102师，德国步兵第6、7、292、102、707师，第4、5、18装甲师、第4、5、10、18摩托化师。
