联共中央在总结卫国战争第1年游击战的经验教训时认为，1941年敌后游击战的主要问题是党的高级领导机关同地下党组织、游击队缺乏密切的联系，无法把敌后爱国者的行动联合组成组织严密、集中统一的力量。
1942年5月30日在大本营下成立了“游击运动总司令部”，任命白俄罗斯党中央第一书记波诺马连科为游击运动总司令部参谋长。下设加盟共和国、边疆区和州的游击运动司令部，与此同时，在列宁格勒、加里宁、布良斯克等6个方面军的军事委员会下面分别成立游击司令部，在各集团军的军事委员会下面设立游击作战组，向游击队派出干部，输送武器，实行统一计划，统一指挥，这才为以后的游击战争提供了必要的组织指挥保证。
1942年8月底，苏联国防委员会在克里姆林宫召开了有各游击兵团指挥员和政委参加的重要会议，总结全国游击运动的经验和制订基本方针。斯大林在会上作了《关于游击运动的任务》的重要讲话，着重指出：“战争史告诉我们，要战胜侵略者，往往不仅要依靠正规军的斗争，同时还要依靠有利于彻底消灭侵略者的人民游击运动。例如，1812年的卫国战争，当时拿破仑一心想征服我国，但到头来被俄军击败了，因为俄军得到了在敌后坚决开展游击战争的武装人民的支援。拿破仑军队是当时世界上最强大的军队，但还是葬身于俄国了，这是因为奋起保卫祖国的除了俄国正规军外，还有一个强大的人民游击运动。国内战争年代也是如此。由于全民在敌军后方组织了游击运动，开展了武装斗争，红军才得以在各条战线上粉碎了干涉者军队，保卫了处于危亡中的年轻的苏维埃共和国。现在，正当红军在各条战线全力以赴地捍卫国家的自由和独立的时候，在被德国占领军暂时夺去的我领土上开展的人民游击运动，必将成为战胜敌人的决定性的条件之一”。
斯大林在讲话中还规定了游击运动基本方针：巩固和发展游击队，在所有城乡建立地下游击预备队；游击行动的基本目标是破坏敌后方交通线；加强游击队同正规军的配合；游击队广泛出击，游击兵团向敌后实施深远奔袭；加强敌占区居民中的政治思想工作，广泛吸收人民群众参加斗争。
这次会议后，斯大林任命伏罗希洛夫元帅为游击运动总司令，加强对游击运动的领导。
随着形势的发展，新的斗争形势要求对领导游击队武装斗争的机关进行部分改组。1943年3月初，游击运动中央司令部解散，游击队的作战行动改由各加盟共和国共产党中央委员会和联共（布）州委员会领导。1943年4月，游击运动中央司令部重新恢复，但此时乌克兰游击运动司令部不再直属于它，而直接归乌克兰共产党（布）中央委员会管辖，并在各方面军军事委员会中派有自己的代表。这种组织上的变动为更灵活地协调各游击队的活动提供了方便。