力传给儿子蒋经国，特别是随着年岁的增长，这种愿望愈是迫切。还在1950年时，蒋介石就宣布改组国民党方案，决定成立国民党中央改造委员会，由16名委员组成，40岁的蒋经国跻身其中，为众所瞩目。
但蒋介石知道，蒋经国年纪轻，阅历尚浅，因此，一些重要的部门，仍让一些有能力、可信赖的老一辈人物帮助治理，但对一些不服蒋经国、与蒋经国有隙的人物，蒋介石则坚决除掉。1952年，蒋经国与“台湾省主席”吴国桢发生矛盾。因蒋经国操纵特务，常常不经过任何法律程序，就任意捕人，甚至连县、市议员也随意捕拿，吴国桢身为“省主席”不得不出面干预，造成对立情绪。另外，吴国桢对于蒋经国的特务经费开支，往往不客气地予以拒绝，这样矛盾越闹越深。蒋介石知道后，“爱子之心，胜于爱民”，坚决站在儿子一边。他甚至派人将吴国桢小汽车的轮子拧松，蓄意谋杀吴。吴国桢一怒而远走美国。结果，蒋介石为儿子除掉了一个劲敌。
不久，陆军总司令孙立人因反对蒋经国在部队设立政工制度，孙蒋矛盾激化。在冲突中，蒋介石再次偏袒儿子，于1954年6月，先撤掉孙立人陆军总司令之职，再借其部下“兵谏”之事，提出“孙立人兵变案”，将孙立人软禁，这样，为蒋经国扫除了又一个强硬的政敌，为蒋经国的顺利升迁扫清了道路。
蒋经国的势力一天天膨胀，逐渐控制了岛上各个部门的实际权力。但蒋介石并不急于马上委以重任。“行政院长”和“副总统”仍然是陈诚，表面上，陈诚是台湾岛上仅次于蒋介石的第二号人物，实际上，“上焉者，处处要请示蒋先生，下焉者，要向经国低头”。陈诚也颇“识时务”，他多次向蒋坚辞“行政院长”之职，但蒋介石总是以“国难未纾，仔肩益重”为由，不让陈诚辞职。到了1963年，陈诚又一次辞“行政院长”职，而且态度十分坚决，蒋介石考虑良久，才予批准。但蒋仍然认为蒋经国上台的时机不成熟，因此推出“财政部长”严家淦，让他出任“行政院长”。蒋介石选择严家淦，是因为严为人谦和没有野心，这是蒋介石为儿子选的一个新的陪衬人物。
蒋介石在一心栽培儿子经国的同时，为了巩固国民党残余“政权”的统治，搞“反攻复国”，在台湾发展经济方面也下了些功夫。从1953年开始，连续实行了为期四年的“四年经济建设计划”。1960年1月，又指示陈诚制定了《加速经济发展十九点计划》、《1961年至1964年的第三期四年计划及长期经济建设纲领》等。
在经营台岛的建设计划中，搞了一些令人瞩目的重要工程，如石门水库、台中港、石油化学工业建设，南北高速公路、高雄大钢厂等。为了加快经济建设步伐，蒋介石指示修改有关经济法令和规章制度，调整赋税、鼓励投资等，这些都为台湾经济的起飞起到了一定作用。蒋介石统治的台湾，这是自1950年以来他少有的舒心的时刻，蒋介石的脸上也露出了少有的微笑。
