轰-6还衍生了其他一些小改型，如无人靶机母机和轰电-6电子战改型。
另外根据种种资料可以肯定，轰-6是我国几种空地导弹的载机。由于我国对空地导弹保密很严格，这方面的资料非常匮乏。目前所知的可能是空地导弹的型号包括上游-2A(SY-2A)的改型。上游-2A是上游-2反舰导弹的改型，用涡喷发动机取代了上游-2的火箭发动机，射程增加到130千米以上，长度增加少许。上游-2A采用GPS＋惯导＋末段主动雷达制导。最容易识别的特征是其进气道装在弹体后上方，类似于美国AGM-86。据信上游2A的空地改型取消了火箭助推器，导引方式沿用上游-2A的模式，但末段有所不同。根据一些资料，该弹可能涂成黑色。另外外界传说的中国空地导弹还包括“红鸟”系列巡航导弹，载机同样是轰-6。未经证实的说法是，携带两枚空地导弹的是轰-6H型。某型导弹中段采用惯性制导，末段采用电视制导头，将图象发回轰-6H，由武器控制员锁定目标。H型本身主要改动了导航设备。此外在C-801反舰导弹的基础上，发展出了据称编号为“空地8”的空地导弹，发射载机同样采用轰-6。
地勤正为轰-6尾炮装填弹药。直到21世纪，轰-6的炮塔仍在生产、研究和改进。对此不太理解，毕竟现在的战斗机都装有空空导弹，不可能凑到机炮射程内发起攻击。炮塔的重量，不如让给电子干扰设备等使用。
轰-6 086号是发动机试验高空平台，于1969年以图-16改装完毕。炸弹舱内加装一个可升降发动机平台，前端有一圆环作为进气调节。086号完成了我国大量发动机的试验工作。
