EA-6最初的原型是 A-6 双座“入侵者”攻击机。EA-6B的机体在A-6的基础上加长加固,以容纳四名机组成员。另一个区别之处是6B的垂尾处有一个电子干扰天线整流罩。EA-6B的核心是 AN/ALQ-99 战术干扰系统,同时还可以携带五个外挂电子干扰吊舱。其中一个在机腹下,机翼下四个。每个吊舱装有两个干扰收发机,干扰机可干扰七个波段中的一个。每个吊舱可自行独立供电,由吊舱前端的气动风扇驱动发电机供电。EA-6B能根据任务组合携带吊舱、副油箱和 AGM-88 “哈姆”反雷达导弹。EA-6B垂尾上的整流罩内装有灵敏的监视天线,能够探测到远方的雷达辐射信号。各种信号由中央任务计算机处理,探测、识别、定向和干扰频率设定可自动完成,也可由机组人员执行。
发动机采用两台 普惠 J52-P408 涡扇发动机,单台推力4767千克。机组人员包括一名飞行员和三名电子对抗干扰操作手。坐在后排座椅的两名操作手负责ALQ-99干扰系统,坐在前排右边的操作手负责导航、通信和自卫电子对抗。
ALQ-99用于收集敌方指挥控制系统发出的战术电子作战信息。这些信息可以记录下来,在任务后进行整理,升级作战信息系统。 ALQ-00 战术干扰系统可为作战飞机和地面部队提供主动雷达干扰支援。EA-6B还可以用“哈姆”导弹直接攻击雷达目标。