“毒蜘蛛”-3不但反舰火力强大，还有相当的防空能力和先进的侦测能力。防空导弹是该艇武器系统的一个亮点。艇上配有SA-N-5近程防空导弹及发射装置，采用人工瞄准方式，红外寻的，飞行马赫数1.5，射程6公里。另有两座AK－630六管速射炮。AK-630具有体积小、重量轻、可靠性高、反应速度快的特点，最大射速为5000发／分钟，对付低空的反舰导弹时最大射程为4公里，对付轻型水面目标时最大射程为5公里。装备两座AK-630后，可解决对低空飞行的飞机及反舰导弹的防御问题。位于艇艏的AK-176M型自动舰炮装有光学瞄准装置及手动瞄准装置，可全自动、半自动及全手动射击，最大射程为17公里，最大射高1.3万米，配备152发炮弹，持续火力非常强。该炮可持续射击70发炮弹而保证射速不降。所使用的杀伤爆破弹及高速穿甲爆破弹可根据打击目标的不同快速进行转换。AK-176M型自动舰炮具有防空、反导及对海对岸射击能力，是一种具有综合作战能力的舰载火炮，火力强度完全可与1000吨级的轻型护卫舰媲美。此外，艇上还装备了一座PK-10诱饵弹发射系统，专用于对付感应水雷。
“毒蜘蛛”具有“蜇”航母的火力，当然不是要它与航母一对一地较量。在组织攻击航母的多层火力中，不仅可运用单艘“毒蜘蛛”，更要发挥“毒蜘蛛”群的作用。只要让“毒蜘蛛”有了出击航母的机会，航母也会穿膛破肚。“毒蜘蛛”“蜇”航母，靠的是出奇制胜。
