P99手枪采用双排单进的大容量弹匣供弹，弹匣由厚0.8mm的钢板制成，底座为塑料板，弹匣上有观察孔，以便射手能看到余弹数量。其中9×19mm口径型的标准容量为16发，而.40 S&W口径型的弹匣容量为12发。
套筒截面呈梯形，外形与P5手枪相似。外表有华尔特公司特有的“特尼氟”涂层，防腐性能比镀铬好，而且耐磨、耐脏。.40 S&W型的套筒比9×19mm型套筒要大，由于两种手枪都使用相同的力量的复进簧（约50牛顿），因此.40型P99的套筒后坐速度稍慢。另外.40型套筒的前部没有防滑纹，因此在外观上很容易识别一把P99手枪是9×19mm型还是.40 S&W型。抛壳挺的长度是不同的，其中9×19mm型的比较长。另外同型号但不同口径的P99的击针组是相同的，可以互换使用。然而，P99、P990和P99 QA的击针组各不同，即使同口径也不能互换。
P99的枪管为冷锻生产，内有6条右旋膛线，有“特尼氟”涂层。此外，其他所有的金属部件也都涂有一层“特尼氟”。9×19mm和.40 S&W的枪管尺寸也不相同，.40 S&W枪管的直径为15mm，而9×19mm枪管则为14mm，因此这两种型号在套筒前面的圆孔尺寸也不相同，另外9×19mm枪管也太短，不能放进.40 S&W的套筒内。
