比目鱼的外形与其它鱼类不同，它的两只眼睛在一边。平时生活侧卧着。 朝上一面有眼睛有颜色，朝下一面无眼睛无颜色，并且朝上一面的颜色能随着环境的颜色而变化。比目鱼的这一特殊形态和颜色是它在漫长的演化过程，为了保护自己、抵御敌害所形成特殊变态。
比目鱼的变态始于仔鱼期。初孵化的仔鱼和其它鱼类，身体左右侧对称，眼睛也是左右对称，即每侧一只眼睛，与其它鱼一样方式游泳于水体上层。待仔鱼成长到15毫米以上时，一边的眼睛逐渐往头顶上移动位置，并越过头的上缘，从另一侧往下移，直到和另一只眼睛接近时才停止移动。同时，在一边的眼睛移动位置时，背鳍也向前延长，当一边的眼睛移动越过头顶时，背鳍也延长到达头部后缘。由于两眼都在头的一侧，使原来对称的头骨也发生了变化，以适应新的生活方式。眼睛位置的变化，也促使其生活方式的变化，当两只眼睛移至同一侧后，鱼就下沉到水体底层，侧卧于水底生活，或在贴近底层的水中游泳，此时，有眼的一边一定向上，无眼的一边向下。有眼朝上一面有色素生成，并且保持原来的弧形外表。无眼朝下一边则很少有色素产生，多为白色，也有少数个体散布着褐色或黑色斑纹。同时，朝下一面的外形平切，就像一尾鱼从中线剖开形成的半边鱼。
比目鱼除了有着特殊的变态能力外，它的另一种自我保护办法是变色，它能在短时间内迅速地将自身体表颜色变化与环境相似，这种使体色变化与环境统一的能力是其它鱼类所不能相比的。通常，比目鱼的变色范围仅限于普通环境的颜色，对于黑色、白色、褐色、灰色、黄色等颜色，瞬息间即能完成变色，变为红色要困难一些，对蓝色和绿色要更长时间，有时需延长到半小时左右。
