第五章
时を越えた邂逅
在Little Wing观看新闻得知，格拉尔各地发生神秘失踪事件，而已被找到的失踪者都有着不明原因的记忆丧失症状，原来之前袭击女主角的入侵者也是失踪者，他们醒后完全没有入侵CLAD 6时的记忆，跟袭击卡修族的人同样的状态，现在事态更严重，负责搜索失踪者的工作人员也同样失踪了，这次委托的任务就是要把失踪的工作人员找回来。
看完新闻后，艾米莉亚认为袭击卡修族村和袭击自己的应该都是那个白发黑衣的少年所为
ACT.1
战斗区域：エルバルス雪山
對話選擇
上
よろしく頼む
上
すごい子だよ
上
そうかもしれない
三人来到雪山碰见同样执行着任务的露米娅，露米娅要求同行，于是四人便开始搜索工作，本关以水、土、暗属性的怪物为主，众人对于这个区域居然出现被SEED感染的怪物觉得很奇怪，听过艾米莉亚的分析后，露米娅对她的分析能力感到惊讶，结束对话后众人继续前进，进入设施后本次的守关怪物就会出现，守关怪物是个大型自律兵器，要留意它会经常向你投放大范围轰炸弹，轰炸弹的威力大，很容易被连击至死，玩家要只要留意炮弹的攻击方向注意闪避就可以了。
ACT.2
战斗区域：地下洞窖
對話選擇
上
夢なんかじゃない
下
一人では無理だ
打完守关怪物后，露米娅仍旧没获得G组织调查队的信息，原来不单是Little Wing的工作人员失踪了，连G组织的工作人员也失踪了。于是众人决定再往洞窖里的设施探究，刚进入洞窖便听到有人的叫喊声，众人向声音方向跑去，发现是Little Wing和G组织的工作人员，但是他们很惊慌，好象不分敌我一样向众人发动攻击，并且将众人看成SEED，众人惟有在不伤害到工作人员的情况下将他们击倒。本关的怪物以暗属性为主，而任务条件就是将所有神志不清的工作人员击倒，而本关有些墙壁是需要玩家将特别爆弹移动到需要爆炸的位置，移动方法就是向特别爆弹攻击即可，要注意那些特别墙壁背后的隐藏房间是有工作人员在的，建议玩家全部清理掉。进入最后关卡，守关是一只叫SEEDアーガイソ的怪物，要击倒他很容易，不过要先清理好它身边的怪物，因为那些小兵会放出冰属性魔法，容易将玩家冻结。
打完SEEDアーガイソ后，尤多突然感应到卡修族侍奉的大地神，于是便向感应的方向跑走，露米娅留下来处理善后，玩家和女主角便去追回尤多，赶上尤多后，发现他被白发黑衣的少年击倒，失踪事件、袭击事件全部都是少年的作为，此时美加出现，少年称呼美加为反叛者，二人各执一见，美加认为现在的格拉尔是属于现在的人们，那是他们的努力结晶；而少年则认为这个时代的成就是建立在旧文明的遗产基础上，旧文明人是万物的创造主。一番爭吵后，少年便离开了，看来要阻止旧文明人的计划就要阻止那个少年，但暂时大家都没任何胜算，正当大家都在失望的时候，露米娅出现鼓励大家。
回到Little Wing管辖区后，发现克劳齐一直担心着大家不断发送信息，但是因为磁场问题，在任务中的女主角并没收到克劳齐的信息，三人立即到Little Wing中，虽然失踪的社员已经找回来，但失踪原因还是不明，艾米莉亚将事情详细告诉给克劳齐和乌鲁苏拉后，众人便讨论起来，最近参加亚空间发生装置研究的人有部分出现幻觉实体化的现象，估计在地下洞窖时SEED突然出现就是因为幻觉实体化了，但是由于没有足够的证据，暂时只能以逮捕黑衣少年为目标，到此第五章结束。
对话结束后，系统开追加自由任务「燃ゆる银世界」、「冰雪の洞窟」、「最果ての实验基地」和交换任务「乐园卫星の里酒场」。EXTRA任务「白き旅人」
