江户时代，以儒教为媒介所进行的思考是留给日本人的精神遗产，虽说不是全部，但首先是或基本上是使他们自觉地认识到人们在现实社会中应遵循的伦理道德。——（日）相良亨
随着幕藩体制的确立，德川政权得以巩固，和平的时代为文化的发展提供了宽广的空间。此时的日本如同一个成长中需要营养的孩子，不断地从先进的中国文明中吸取各种营养元素，其中影响最大的是朱子学。
朱子学在镰仓时代随禅宗传入日本。1600年，禅僧藤原惺窝还俗，并致力于儒学的研究。其门徒林罗山，专心研究朱子学，并成为日本朱子学的创立者。林罗山主张：“世界万物均有上下名分，人间社会也是如此，君臣父子尊卑贵贱各有其位，不得混淆。”其学说肯定了封建制的身份等级论，受到德川家康的信任，被任命为幕府的政治顾问，得以参与幕府的法制制定。
第三代将军德川家光时期，林家世袭儒官并建立学塾，教育幕府士族子弟。第五代将军德川纲吉在江户的汤岛修筑大型孔庙，供奉孔子和朱熹等儒学圣贤。并作为幕府的最高学府。研讨和宣扬儒学，鼓励传播朱子学。林家第三代传人孙凤冈被任命为大学头主持学府工作。朱子学成为幕府和各藩的官学。在日本取得了独称的地位。
各藩的武士都努力学习儒学，许多下级武士也成为朱子学派的名儒。而不懂朱子学的武士则仕途黯淡，各地还设立了许多教授朱子学的藩校。如名古屋的学问所，冈山莎校、米泽藩兴馆等。
根据朱子学的三纲五常和大义名分的思想。在社会中人人要遵从主人的安排，忠于主人，反抗主人的意愿被视为不可饶恕的罪行。在家庭中。子女要对长者尽“孝道”，绝对的家长制不仅表现在家中，家长对外也要为家人的行为负责。女性没有社会地位。继承权不考虑女性。武士家系实行长子继承制，没有儿子只有女儿，就需要领养养子。否武士的领地将被幕府收回，成为失去主君的浪人。
这一时期。民间出现了阳明学和古学两大学派。提倡创立日本独特的思想文化体系。阳明学派的代表人物是中江藤树及其学生熊泽蕃山。受中国明朝跳王阳明（王守仁）学说的影响，他们借用阳明“知行合一”的观点。批判朱子学的“知先于行”思想。反对不加批判地直接在日本运用儒教道德思想，其改革现实的主张与幕府相左。熊泽蕃山后来被幕府软禁。古学派的代表人物是山鹿素行。主张孔孟之道。批判朱子学。反对中国中心论，视日本为“中朝”。
朱子学在日本的传播一方面强化了德川幕府的封建统治。另一方面也促进了日木学术研究的
