有如上因素，吾人也就不足为奇为什么史迪威和国民政府领导层的关系是如此恶劣，而且越来越糟糕。在史迪威和蒋、宋的多次交手中，史迪威反复表示他对国民党将军的强烈不满，以及和他们之间的恶劣相处关系。宋的私档中处处可显示蒋和宋是如何忍受史迪威喋喋不休的抱怨的。
早在1943年之前，蒋和史迪威之间的矛盾就已经加剧了，同时两国之间的紧张关系同样加剧。当蒋得知史迪威设法联系延安的共产党，并想邀请他们加入国军以对抗日军，蒋尤为恼火。蒋认为这个建议“太过分”，触碰到了他与国民党官员的禁忌，也就是无论如何都不能加强共产党的军事实力。1943年，在讨论到使用美国空军于中国战区和利用更多军力为盟军收复缅甸这两个议题时，双方矛盾上升到一个新的高度。蒋极力争辩空军用于缅甸也用于中国，而史迪威在美国国防部长马歇尔（george marshall）将军的大力支持下，强烈反对蒋的看法。
愤怒的宋子文被软禁
新近公开的宋档显示，随着蒋对史迪威傲慢和无知愈加恼怒，宋再一次游说华盛顿，试图撤换史迪威。在1943年9月29日宋对蒋密电中，宋报告说他已经和美国政府达成了几份重要的协议，包括“不惜以一切代价”来撤换史迪威。当宋陪同东南亚战区最高统帅蒙巴顿将军于1943年10月来到重庆时，他向蒋确认了这个“好消息”，并催促他立刻发电报给罗斯福。
但是蒋此刻再次改变了心意。考虑到史迪威和美国防部的深厚关系、他刚刚成为蒙巴顿将军的副手，以及中缅印度的战局，蒋仍决定留下史迪威。此时，宋感到莫大的羞辱和背叛。在10月中旬，蒋和宋两人大吵了一架。愤怒的蒋，据说把一只碗摔在地上，同样愤怒的宋，则重重地摔上门，离开了蒋的住所。
在后来的三个月内，宋形同被软禁在其重庆的住所里，不被允许参加官方活动，也不被允许回到华府，而且没有随同蒋介石参加开罗会议，尽管正是因为他在华府的努力，才使蒋得以参加此一峰会。1943年12月23日，宋以一种谦逊、克制和巧妙的方式写信给蒋：“两月以来，（文）独居深念，咎戾诚多，痛悔何及，窃文之于钧座，在义虽为僚属，而恩实逾骨肉，平日所以竞竞自励者，惟知效忠钧座，以求在革命大业中，略尽涓埃之报，而抗战以后，内心更加兴奋，无论在国内国外，惟知埋头苦干，秉承钧座指导，为争取胜利，竭其绵薄，无奈个性愚憨，任事勇锐，对于环境之配合考虑，任事每欠周详，甚或夙恃爱护过深，指事陈情，不免偏执，而流于激切，此诚文之粗谬，必赖钧座之督教振发，而后始足以化其顽钝，亦即文于奉教之后，所以猛省痛悔，愈感钧座琢磨之厚也。今文以待罪之身，诚不敢妄有任何渎情，一切进退行藏，均惟钧命是听。伏乞俯鉴愚诚，赐以明示，俾能择善自处，稍解钧座烦扰，则文此身，虽蒙严谴，尤必与青天白日，同其贞恒，惶悚上陈，伏祈垂察，敬叩钧安。”
