工农运动愈演愈烈，实际上是要在解放区提前建立“劳农专政的政治”，必然与以中产阶级为背景并开始投靠大资产阶级的国民党发生尖锐冲突，动摇了两党合作的基础。这就难怪吴稚晖、李石曾、张静江，甚至还有以“兼容并包”著称的蔡元培，竟然成了“清党”的首倡者、蒋介石的同谋。这4人在国民党内尊称“四皓”，绝非名利之徒，即使脾气怪异如吴稚晖也生性淡泊，在家用小煤油炉自炊，出门爱坐四等火车、住三等小旅店、吃小茶馆。他们不能容忍的是，“国民革命”尚未成功，国民党眼看就要让位于共产党。吴稚晖在 1927年4月1日那篇《呈中央监察委员会文》中，以一种比戴季陶更苛刻的语气气急败坏地说：“若你们共产党急迫至此，未免取得国民党的生命太快了一点!”“中国实行列宁式共产主义，似已为难逃之巨祸。”他呼吁：形势“十万急迫”，不必等到召集中央执委会全体会议或全国代表大会，可以“出以非常处置，护救非常之巨祸”。这是呼吁蒋介石“清党”的第一篇文件。
蒋介石“清党”后，以陈独秀为主流的共产党领导层仍寄希望于以国民党左派汪精卫为首的武汉政府，一再妥协退让。但是，不少共产党人已经对国民党不存幻想。自称“极端主张阶级战争和无产阶级专政”、对改良主义“一律排斥批评、不留余地”的蔡和森针锋相对地提出，发展5万农军和30万国民党群众，准备一举推翻现在“代表土劣的国民党中央”。这已不是两党合作，实际上是要在保留国民党外壳的前提下由共产党来主导全国政局。
当年在孙中山先生麾下并肩携手的国共两党终于成了死对头。追随蒋介石之后，许克祥在湖南、夏斗寅在湖北、朱培德在江西、冯玉祥在河南，相继向共产党人的工农群众举起了屠刀。鲍罗廷可怜兮兮地哀求武汉政府在东征蒋介石之后再“分共”，可是重兵在握的唐生智冷冰冰地回答：“不行哇老鲍，共产党最好主动退出，否则我也拿不住我的部下。”
在国共合作的武汉政府最后的日子里，最为尴尬的是两党内的温和派。共产党方面的谭平山，是国民党“一大”的组织者之一，长期担任国民党中央执委会常委。他就任武汉政府农政部长时，迁就国民党，避开敏感的土地问题，只提出促进农民同革命军队之间的密切合作，受到莫斯科的斥责;后来还是被汪精卫逼迫“离职休养”。国民党方面的邓演达，倾心于共产党的土地革命，眼见武汉政府一步步滑向“分共”，深夜拜访汪精卫，劝说无效，只好化妆成电线维修工秘密逃离武汉，跟随被解除顾问合同的鲍罗廷去了莫斯科。后来，他在上海组织“第三党”，被蒋介石捕杀。谭平山虽然参加了反抗武汉政府的南昌起义，仍为共产国际所不容，被开除党籍。激进的蔡和森在《党的机会主义史》长文中，把他与陈独秀并列为“机会主义”的代表人物。
“别了，哥哥”
国共合作的失败，导致全国性的大屠杀。仅在1927年中被国民党杀害的共产党员和亲共民众就有10万人。同胞的血，流成了河。主张“以暴动对付暴动”的蔡和森被国民党捕获后，用大铁钉钉在监狱墙上，再用刺刀一点点割肉而死。这不是原始部落的仇杀，而是发生在电灯和汽车的时代，如此残忍，令人发指;而仅仅因为政党之别，同为中国人，甚至同为灵长类动物，竟又如此不共戴天，令人仰天长叹。
在国共合作的发源地广州，在当年的黄浦军校，蒋介石曾经对国共两党的学生指天为誓：“无论国民党、共产党，革命的血都流在一起。”可是，在 4月15日凌晨，按照追随蒋介石的李济深副校长的“清党”令，昔日同窗顿时成了冤家。这是一个普普通通的共产党员学生陈远湘的回忆：
接着便听到各团队有人嚎叫：“共产党员站出来。”
无人理睬，又喝令：“孙文主义学会同志来指认。”
赵范生等20多位共产党员知不能免，遂挺身而出。
有许多国民党左派官长、学生，平日言论进步激烈，竟被误认为共产党人。孙文主义学会的人一面推拉他们，一面挖苦说：“别个共产党英勇无畏，你这个共产党员怎么是个胆小鬼呀?你平日那么厉害，今天就不敢承认了?”激起左派学生愤怒反抗，互相扭打。持枪士兵动手行凶，致使部分左派学生受伤，衣服被撕烂，押送途中，尤痛骂不已。
关押在中山、飞鹰两条兵舰上的几百同学，不少跳水逃走时，被鬼兵开枪打死在江里，水性好的游上对岸了，却被人追捕。
