He 100 所使用的这套冷却系统由 Jahn 和 Jahnke 所设计，在使用该装置的情况下引擎的运转温度可以达到摄氏 110
度。超热的冷却液被注入离心式空气压缩机中，籍由压力的下降，冷却液迅速变成蒸汽，循管道进入机翼前缘内部的冷却空腔内，靠热传导迅速将所携带的热量经流经机翼表面的气流带走，失去热量后的蒸汽变为液态的水回流向发动机。与此同时，较重的水则依靠离心力被分离开来并重新进入发动机的冷却循环系统。先后尝试了不少设计方案，最终的选择却是采用多达二十二个小型的电动泵分担工作。有趣的是，每个泵对应地在座舱内都有一个故障指示灯……一点也不错，座舱内因此共安有二十二个指示灯！
润滑油不象冷却液，必须避免让其温度达到沸点。这给 DB 601 系列发动机在 He 100
上的实际使用带来了一个难题，因为根据该发动机的工作原理，大部分热量直接传给了润滑油而不是冷却液。为了解决这个问题，不得不在两侧机翼下各设置了一个半收放式的滑油散热器。
在某几架原型机上，还尝试着用一种更复杂的方式达到这一目的。先是在热交换器中用甲基酒精吸收润滑油的热量，随后则同样通过蒸发冷却的办法再给酒精降温。不过其专用管路却被安排在机身后部和水平尾翼的前缘。
沃尔特工程师在 1937 年五月 25 日因车祸丧生后，他的兄弟齐格弗利特接手进行 He 100
的研制工作，并赶在当年年底前完成了全部的设计。与以前相比，设计上主要的变动有：机翼的外段（约全长的 1/3
处）改成了略微上折，内侧翼段出于容纳向内侧收起的起落架的原因而显得较厚。当主起落架放下时轮间距极大，使得该机在地面的运动性比起 Bf 109
来要好得多。虽然座舱后缘仍收入机脊，但机背线条在接近机尾处却降到了座舱罩底部的水平线下，保障了飞行员的后方视野。由于 He 100
在地面滑跑时，翼面散热系统还不能真正发挥作用，因此齐格弗利特工程师又在机身下增添了一个可收放的小型常规散热器应付这种情况。总的来看，He 100
的尺寸要比它的前辈----He 112 略小一些，重量也更轻。
十月末，该设计被交到了 RLM，还在附件中详细列明了原型机的设计细节，交货日期及三架原型机的单机价格。官方将其命名为 He
113，不过亨克尔博士显然对这个数字有很强的抵触情绪。在他的一再要求下，该机的编号终于被改成了 He 100（其实 100
这个编号已经给费塞勒（Feiseler）公司使用了）。