此时义仲和行家带领的军队入住了京都，比仍然身在镰仓的赖朝更早入京，让义仲坚信自己可以成为源家的首领，不禁欣喜若狂。义仲等人打算入宫拜见法皇。
平家在前往西国途中留宿福原，时子恍惚之间看到了清盛的幻影，结果第二天平家把自己一手建立起来的福原付之一炬，平清盛最爱的“梦之都”最终化为一片灰烬。
另一方面，得到法皇正式授予高官的义仲，和妻子巴沉溺在奢靡的生活中。义经派密探入京打探，得知义仲的军队在京都穷尽极奢，于是他不顾牟庆的劝阻，决定亲自上京劝说自己的堂兄弟义仲改过。
《义经》分集介绍：第二十四集 动乱的京都
义经来到京都后，单独亲自前往拜访义仲。但义仲根本不肯听他这些话，于是义经只好失望地离去，途中被巴袭击，实际上这是义仲默许的。
朝廷内部对义仲的不满之声日益高涨，于是后白河法皇决定利用和他有血缘关系的源行家来牵制义仲。
此时回到近江的义经意外地遇到了平赖盛（三浦浩一饰），原来赖盛认为平家之所有有今天，都是自己的母亲推波助澜所致，于是他决心和平家断绝关系。而义经则烦恼要不要向赖朝报告义仲现在的情况。
法皇命令源行家带兵围剿平家，却一瞬间就战败而逃，这让原本打算利用行家牵制义仲的法皇感到很不安，于是派自己的心腹平知康（草刘正雄饰）去服侍义仲，谁知知康却遭到义仲当众羞辱，法皇愤怒之余，秘密训练僧兵打算用以对抗义仲的军队。得知此事认为法皇背叛自己的义仲，带兵袭击在法住寺大殿的法皇，并将其软禁了起来。
《义经》分集介绍：第二十五集 义仲的末日
义经受命为勤王之师上京讨伐义仲，这是义经第一次带军，幸亏身边有牟庆等能人无数，加上义经本身的军事天才，很快救出了被义仲软禁的后白河法皇。
义仲带军逃往镰仓，然而此时他只有四千兵马了。他原本希望自己的叔父行方能帮忙，可惜得知行方认为他这是叛国，反而带军前往京都打算剿灭义仲。终于醒悟自己已经大势已去的义仲，让妻子巴带一部分人离开，这样分开走可以分散敌人的注意力，结果义仲在镰仓去世。
义经被法皇受命为皇宫的护卫统领，开始在京都正式落脚。某天行家来拜访义经，并大声数落义仲的不是，义经勃然大怒，但同时又对在没有战争的情况下居然投身家族之争的自己生气。
此时，在好友吉次的帮助下，义经终于和自己的母亲常盘重逢，但常盘却告诉义经，不要再来见自己了，虽然对母亲的话感到疑惑，但义经还是答应了。
《义经》分集介绍：第二十六集 朝向修罗之路
义经得知义仲的首级被悬挂在监狱门口，大为反对。到监狱门口去看的义经，碰到了正在那里的巴，已经有些自暴自弃的巴狠狠地对义经说，自己对死去的丈夫充满了仇恨和厌恶。
丹后局（夏木真理饰）找义经入宫，询问他反对悬挂义仲首级示众的真正目的 ，实际上后白河法皇就在旁边的一间屋子偷听。
回家后义经发现自己朝思暮想的静居然来了，两人为都能平安无事的重逢感到非常高兴。不过义经即将和平家决战，于是他拜托牟庆等人保护静。空惠得知义经又将上战场，去义经家找他，才第一次知道情敌静的存在。
《义经》分集介绍：第二十七集 一之谷的奇迹
平家军在一之谷安营扎寨，这里周围都是悬崖峭壁，是易守难攻的绝佳战略地点。源资盛（小泉孝太郎饰）带领先头部队前往一之谷，结果在三草山遇到了早已埋伏在那里的平知盛大军。通过得力助手三郎和次郎的汇报，义经很快知道平家军潜伏在三草山。结果义经采用分散敌军注意力的战术赢得了胜利，在己方毫无伤亡的情况下，顺利向目的地一之谷挺进。
然而此时平宗盛却接到后白河法皇的书信，表示希望源平两家能和睦共处，才会让双方开战的，实际上这是法皇的诱敌之计，没有察觉到法皇真正意图的宗盛，看到书信上写着希望他能再到京都晋见，非常开心。
此时义经的大军兵分两路逐渐迫近目的地，谁知人数上远胜平家军的源家军竟然陷入了苦战，最终义经用奇谋成功杀入了平家阵营。
《义经》分集介绍：第二十八集 赖朝变得无情
义经在一之谷打了一场漂亮的胜仗，顺利凯旋。可惜连见自己心爱的静一面的时间都没有，每天被追问战争的详细经过。另一方面，源家内部对如何处置战俘平重衡意见不一，小时候和重衡亲如兄弟的义经感到非常难过。源家要挟让重衡给平家写了一封信，要求用重衡交换被平家带走的三种神器。结果被平家现在的当家宗盛拒绝。结果对重衡的处罚变得不得不这么做了，于是赖朝下令让义经押解重衡去镰仓，途中两人互诉衷肠，仿佛回到了两小无猜的童年。
刚到达镰仓，赖朝就下令义经尽快到一之谷会合。但赖朝的妻子政子从镰仓的武将中得知，义经是个不可多得的军事天才，对他产生了强烈的警戒心。
义高得知义仲去世，于是打算逃跑，却被抓了回来。赖朝决定严肃处理此事，下令斩首。义经跑去为义高求情，却被赖朝拒之门外，义高被处刑之后的第二天，赖朝告诉义经，自己要建立一个属于武士的国度。这些话让义经感觉自己和赖朝越来越疏远。
《义经》分集介绍：第二十九集 母亲的遗言
一之谷战役因义经的军事天才大获全胜，赖朝向后白河法皇提出让义经升官，但言词之间颇多隐忍和不满，发现这一现象的法皇，明白到赖朝和义经两兄弟之间有嫌隙，害怕已经有些功高镇主的源家变成第二个平家，法皇开始筹谋如何分化源家。
