陈安瘫软在廖云山面前，他交代出此行任务是协助303做争取储汉君北上的工作，但对303的情况一无所知。廖云山笑着把陈安未交代的关系一一点破：陈家与储家是世交，陈家曾经有恩于储家，储汉君的小女儿储兰云是两家指腹为婚许配给陈安的妻子。储汉君的妻子刚病故，他是以吊唁的为名前往的。廖云山让陈安放弃幻想，只有配合他们抓到303，陈安才有活路。之后肖鹏从陈安箱子的夹层里搜出了陈安携带的、要交给303的绝密文件，这是从国民党内部影印出来的绝密文件，明确指令在共产党召开新政协会议之前，如对储汉君等民主党派领袖争取不成，便暗杀之。陈安对自己的处境深感绝望，为了苟且偷生，他同意配合廖云山抓捕303。陈安隐瞒了另一个要争取的人物徐杰生，为的是给自己留条后路。肖鹏向陈安追查阿冬的任务，陈安也提供不出更多的东西。肖鹏总感觉不踏实，丁副官却嘲笑肖鹏庸人自扰。盯着陈安，肖鹏一言不发，突然下令搜查阿冬的休息室。搜查一无所获。
独自坐在包厢内的廖云山看着手中的那份密令，告诉肖鹏，储汉君是当今国内最知名的法学家，民生党主席，是在国共之间保持中立的第三势力的代表人物，也是国共双方都极力争取的关键人物。如今离中共召开新政协会议只有99天，这个人，无论如何不能让共产党带走。
天亮了，肖昆突然布置贾程程去密室等待接报，明确告诉贾程程，火车到达上海之前一小时收不到接站电报，将取消接头。显然，事先肖昆并没把这个秘密指令告诉贾程程。贾程程虽然对肖昆严密的筹算很佩服。
贾程程刚从店里出去，紧急搜捕开始了。军用车急煞在刚开张的各家店铺门前，王双全慌里慌张地跑进来通报消息。千钧一发之时，何三顺出现了，他带来了徐杰生签发的特别通行证，肖昆的判断是正确的。
火车上，肖鹏布置车站抓捕303的各种细节，按照肖鹏的布置，一辆临时加车没按时到站，车站上的候车人上不了车，一时人声鼎沸，乱哄哄嚷成一团。特务们夹杂在人群里，等待从武汉来的火车进站。
贾程程坐在电台前专注等待着，拿到特别通行证的肖昆赶到，见仍然没有任何消息，肖昆的眉头皱起来。
火车上，一时一刻没有放弃思索的肖鹏从阿冬腰带里搜出行李车钥匙，终于在行李车找到了阿冬藏匿的发报机。肖鹏马上把陈安押到发报机前，就在肖昆准备放弃接报的时候，贾程程收到了陈安发射的电波……
陈安放下发报耳机，肖鹏冷静地威胁陈安，如果跟303接不上头，你会死得很惨。
肖昆和贾程程马上去车站发货并同时接人，货发的很顺利，陈安所乘的列车也如期进站。看着列车缓缓进站，看着站台上乱哄哄的人群，肖昆突然有了种不详预感。他正紧张地思索，纷乱的人群里，贾程程却一眼看见手拿接头暗号的陈安从车厢走下来，没待肖昆阻止，贾程程已快步向陈安走去……
《最后的99天》分集情介绍：第二集
肖昆赶紧追上贾程程，几乎与此同时，肖昆看见车厢里正盯着贾程程往前走的弟弟肖鹏。肖昆大吃一惊，兄弟俩分别三年，肖昆不知道肖鹏已经回国。长期从事地下工作，磨砺出肖昆机敏谨慎的行事原则，这个意外的一瞥让他本能地预感不好，因为他知道弟弟是干什么的，肖鹏这时的突然出现不能不让肖昆起疑。阻拦贾程程已经来不及，因为他清晰地看见肖鹏在车厢里正一步步跟着向陈安走去的贾程程。在万分危急的关头，他冲车厢里大喊肖鹏，肖鹏一愣，看见车厢外正向他挥手冲来的肖昆。周围没有防备的特务顿时紧张起来，而这一切没有逃过贾程程的眼睛，差点就跟陈安打招呼的贾程程惊出一身冷汗，她赶紧转向肖昆。眼看着就走到面前的贾程程突然回身看奔向车厢的肖昆，陈安非常失望，他转身走了。
肖鹏下车，肖昆一把抓住他责问为什么回国不告诉自己。看见哥哥，肖鹏很意外却并不热情，心思全在抓捕303身上，肖鹏无意寒暄，匆匆告诉肖昆他奉命来接南京的特派员，有情报说共产党派了人行刺，让肖昆赶紧离开是非之地。这是一个非常圆满的解释，此时此刻，肖昆再机警也无法了解其中真伪。
肖昆和贾程程走了，虽然刚才肖昆介绍贾程程是公司里的职员，帮他来车站发货，肖鹏仍有一种说不出的不好的感觉。他极力要否定这种判断，因为在他看着贾程程背影的时候，贾程程也边走边回头看他，青春美丽的贾程程似乎一瞬间拨动了肖鹏隐秘的心弦。肖鹏一直盯着贾程程，直到丁副官站在他面前，丁副官似乎看透了肖鹏的心思，肖鹏像没听见丁副官一语双关讽刺的话语一样，不动声色地命丁副官负责监视陈安。
与肖鹏分手，肖昆的心陟然沉重起来，弟弟的突然出现带给他一种不祥的预感，肖昆一路上一言不发。贾程程着急拿到那份不知是什么内容的绝密文件，试图说服肖昆，肖昆执意放弃接头，他告诉贾程程，一切以安全为第一要务，命贾程程马上通知车站地下党监视站台上的陈安，之后与武汉联系，查问是否期间出了问题，贾程程领命而去。很快，车站地下党在暗中监视陈安，然而有备而来的陈安没有露出任何破绽。肖鹏的安排也同样非常缜密，很快，站台清出一条通道。廖云山在前来接站的官员、肖鹏及一些核枪实弹军警的护卫簇拥下离开车站。站台重新归于忙乱前的平静，一切都天衣无缝。在熙攘的人群里，只有陈安掩饰着焦虑不安的心等待着303出现。藏在暗处的丁副官一眼不眨地盯着陈安，一个个人擦肩而过，始终没有一个人上前与陈安搭话，陈安心急如焚，他知道接头失败对自己意味着什么，可他又只能强作镇定。
按肖昆的吩咐，贾程程匆匆来到秘密地点向武汉发报，告之陈安已达，询问期间是否有变故。武汉方面告之一切平安，让他们尽快接头，陈安手里的绝密文件非常重要。
303没有出现，按照事先肖鹏的命令，为了不引起303怀疑，陈安并没有过多耽延，他马上出站叫了辆人力车直奔储汉君家。行驶到一处偏僻的地方，陈安险遭劫杀，三轮车夫击毙了刺客，救了陈安，惊魂未定的陈安这才知道三轮车夫是肖鹏安排好的特务，还没待特务重新拉起三轮车，斜刺里冲出一辆吉普，从车上跳下几个士兵，架起刚才拉陈安的便衣特务上车，利索地拖起地上的尸首扔在车上，另一便衣特务重新拉起陈安，吉普车开走。这一切不过几秒种，陈安吓得脸色苍白不敢发一语，死死盯着前面拉他的那个特务背影，人力车拐进繁华街道，陈安稍稍松口气。
“啪”一记耳光重重地打在拉陈安那名特务脸上，肖鹏质问他为什么要打死劫杀陈安的人，特务的回答肖鹏不信，命人拖下去上刑。接着肖鹏让丁副官分析这一突然事件的因由，丁副官认为内部有奸细。肖鹏十分认可这个分析，接着肖鹏掰着指头一一数算火车上跟着他和丁副官的几名特务，奸细必然出自这几个人。肖鹏让丁副官分析可能是谁，丁副官语焉不详，不敢随意下判断。肖鹏又问余副官，这个奸细是否已经通知了303。丁副官分析不出，肖鹏笑了，肖鹏从容告诉丁副官，不管出于什么原因，这个奸细没来得及通知303，如果他能够通知303，就不必出此下策，如此急迫地派这个不成熟的杀手铤而走险，他是万不得已，没有办法的办法。肖鹏肯定地说。丁副官佩服地点头。这期间一直不断传来那个被上刑特务的惨叫声，说到这，另一名特务进来报告，说那名特务坚称不是有意的。肖鹏冷冷地说接着打，直到他招供为止。特务领命而去。肖鹏命丁副官盯住所有知道这件事的人，如果这个消息再被传递出去，那么这些人便休想有活路。话音刚落，特务进来报告，那名特务死在酷刑之下。肖鹏面无表情，告诉丁副官，在抓到303之前，这几个人由丁副官看管，没有他的允许，任何人不能打电话，不能与外人来往，包括丁副官自己。
