秦汉魏晋南北朝是皇帝制度从初创到逐步完善的时期。在这一时期，皇帝制度的特点主要表现在以下几个方面：
第一，神权被皇权进一步利用。秦统一六国，始皇自称“赖宗庙之灵”，进而又采用邹衍”五德之运”的学说，利用天人感应论，“以为周得火德，秦代周，从所不胜，为水德”。自此，五行相克的学说便成为新王朝取代旧王朝的理论依据，“帝王之兴，必俟天命；苟有代谢，非人事也”。汉武帝时，董仲舒发展了儒家的君权神授说，给君权披上了一层神圣而又神秘的外衣。君权与神权的结合，加强了君权不可侵犯的原则。侮君轻君即等于侮神轻神，是理应受到诛灭的。所以，当时一般社会意识，总认为皇帝就是真龙天子，是秉承天命的圣哲，皇帝本人更大力宣扬，凡登上皇帝宝座，便是“奉天承运”，成为皇天上帝授权处理人间政事的最高代表。“王者，父天母地，为天之子也。”“天下乃皇天之天下也。陛下上为皇天子，下为黎庶父母，为天牧养元元”。这些帝王总是有“龙德在田，奇表见异”，他们夺得皇帝宝座又是“斯乃非止人谋，抑亦天之所赞也”等等。这一切说教都是为了论证皇帝权力理应独尊无二，皇帝理应成为天下的“至尊”，皇帝之上除了有一个虚无飘渺而又人格化的“天”以外，再不容许有敢于超越或干扰其权力的任何事物存在了。
第二，为维护皇帝的尊严，礼乐制度被进一步强化利用。秦统一后，一些儒生劝说秦始皇用古礼，“始皇以其难施用，由此黜儒生”，他“焚书坑儒”，禁止民间私学，“若有欲学法令者，以吏为师”。秦始皇的方针是简化古礼，强调法制，他仅采纳了一些简便易行之礼，并以严刑峻法作为主要的统治手段。秦不旋蹱而覆亡，一度出现法灭礼坏的混乱局面。至刘邦称帝时，“群臣饮争功，醉或妄呼，拔剑击柱”，刘邦亦无可奈何。他逐渐意识到礼仪秩序对于巩固本身统治的重要意义，于是令著名儒生叔孙通率其诸弟子共定朝仪，“采古礼与秦秦仪杂就之”。经过几个月的努力，在公元前200年，值长乐宫新建成，诸侯群臣朝贺之际，开始实行朝贺大礼。“先平明，谒者洽礼，以次引人殿门，陈东、西乡。卫官挟陛及罗立廷中，皆执兵，张旗帜。于是皇帝传警，辇出房，引诸侯王以下至吏六百石，以次奉贺，莫不振恐肃敬。至礼毕，复置法酒，诸侍坐殿上，皆伏，抑首；以尊卑次起上寿。觞九行，谒者言‘罢酒’，御史执法举不如仪者，辄引去。竟朝置酒，无敢讙哗失礼者。”在庄严肃穆的大礼下，刘邦深有感触地说：“吾乃今日知为皇帝之贵也”。自此以后，统治者大力加强礼的建设，使礼成为维持社会和-秩序，巩固等级制度，调整人与人之间的各种社会关系及权利义务的规范和准则，以礼入政、入法，提倡“礼本刑辅”，并不断加以完善；同时，他们还推行儒家礼治的理论，宣扬“君为臣纲，父为子纲，夫为妻纲”的“三纲”和“仁义礼智信”的“五常”，确立皇帝至高无上的地位和尊卑上下等级关系，使之成为指导立法、司法、行政的基本原则。
第三，皇权是在排除来自各方面的侵扰之后得以巩固的，它经历了与各方面-势力的较量和斗争。首先，宗法血缘关系一度仍被作为维护皇权的主要支柱。秦始皇罢封建设郡县，削弱宗族势力，西汉初，却从反面接受教训，“惩秦孤立而亡，欲大封同姓以填抚天下”。这种以皇帝的叔伯兄弟子侄封王封侯，以宗法关系维护和支持中央皇权的方法，一度又得到恢复。但实践证明，这些刘氏侯王并未以宗法为重，他们一旦裂土封疆，随着封地经济-军事力量的膨胀，有人便居然觊觎帝位，企图染指皇位和皇权，甚至兴兵作乱，诸王互相火并、告状的现象，更是相继发生。这不仅直接威胁到皇权，而且也给社会带来动乱。因此，皇帝只得再一次以郡县制代替宗藩制。其次，由皇后妃嫔的兄弟子侄们构成的外戚以及由皇帝左右近幸侍从和宦官组成的集团，也往往乘隙窃据权柄。尤其是在皇帝幼小、昏庸，女主当权时，更易于得逞。他们专横跋扈，视皇帝为傀儡，专制弄权，直接威胁到皇权的存在，也给社会带来动乱。当矛盾激化到不可能调和时，皇帝或者是利用其他-势力将他们铲除，或者是屈辱俯伏于他们的权威之下。再者，帮助皇帝打天下和治天下的功勋集团，已经上升为统治集团的中坚。其成员身居显位，掌有实权，往往又是累世公卿，有很大的-潜在势力。他们在地方上拥有大量土地财产，形成世族豪强势力。皇帝不得不依靠他们，同时又必须时刻防备他们对皇权的侵犯。秦汉至魏晋，皇权与勋贵集团既互相依赖又互相戒备，有时激发为诛戮功臣或兵变政变。魏晋南北朝的政权更替，大都是由于这些勋贵世族势力的颠覆而造成的。
皇帝制度中一切规定和程序都是为了保证皇帝畅行无阻地行使权力。皇帝的意志就是最高的法律。皇帝个人的才智素质，有时能够决定一代政局是否稳定。因此，研究中国古代的皇帝制度，绝不能离开当时的历史条件、形势以及个人的特点。
