准备升空的 Me 163B
Me 163Ba-1 改装型 ：由剩余的A型改装而来，用于训练飞行员。
Me 163B-1a 量产型 ：真正投入实战的量产型，发动机有所改进，其余同 B-1 型类似。1943 年末，Me 163 的生产完全转交给克勒姆技术公司（Klemm Technik），主要分包商是道尼尔公司和 BVB 公司，总装在黑森林进行。由于生产分散在各地，加之许多零件供应商没有生产军械的经验，计划再次大幅延误。直到 1944 年 2 月，第一架 Me 163B1-a 首飞，到 1944 年 7 月，德国空军只接收到了 16 架。到 11 月，月产量提高到 90 架，但 1945 年的总产量只有 37 架（看来德国人真的不行了）。由于克勒姆公司没有生产木制飞机的经验，加之许多零件由战俘加工，总的质量要比梅塞施密特公司的产品差许多。总产量：大约 250 架，全部装备 JG 400（第 400 战斗机联队）。
Me 163S 双座教练机 ：将 T 液箱（瓦尔特液体燃料火箭发动机的燃料分为两部分：分别为 T 燃料――过氧化氢和稳定剂和 C 燃料――肼/甲烷的水合物，这两种燃料一旦混合就会自燃）改为教官座舱，无动力。总产量：少量。
Me 163C 改进型 ：使用 Walter HWK 509C-1 发动机，有主燃烧室和巡航燃烧室，燃料箱增大以提高续航时间，机身中段重新设计使之更加流线形，座舱加压，有气泡形的座舱盖。总产量：5 架（2 架原型机和 3 架量产型）。
Me 163D 改进型 ：163D 是进一步的改进，有可回收的三点式起落架。因为容克公司之后被委派的这个发展任务，所以这个系列之后也被称为 Ju 248，最后计划又回到梅塞施密特公司，结果就是 Me 263。总产量：1 架。
