F-111A 的原型机
F-111B 的原型机
经过持续一年的对各个方案的筛选过程，国防部和海空军最终选择了波音和通用动力提交的方案。两种方案中，海空军倾向于波音公司的设计。但是在 1962 年 11 月国防部却宣布采用通用动力的设计方案，理由是“该方案具有更高的通用性，更容易实现低成本的目标”。麦克纳马拉获得了最终的胜利：1962 年 12 月 21 日主承包商通用动力-格鲁曼公司在德克萨斯州的 Fort
Worth 签署了项目合同。TFX 项目终于走上了正轨——然而矛盾的祸根已经发芽，在媒体的推波助澜下，更多活剧正在酝酿之中。
保守的说整个 F-111 的项目是相当复杂的，项目需要新的研究成果，新的技术，新的产品，当然还有项目参与者大量的协调与协作。整个项目以通用动力主，格鲁曼公司的介入是因为其有设计和生产舰载机的丰富经验。还有普惠，休斯两个分承包商，普惠负责研制 F-111 的引擎。休斯公司研制海军型 F-111B“凤凰”机载电子设备系统。另外还有 17 个子承包商，分别负责飞机的各个子系统，范围从雷达、弹射座舱、导航系统等等，所有人都要自己从头做起，没有任何现成的产品。而主承包商和子承包商还要依赖分布在 44 个州的 6,000 个供应商。难怪会有人评论到：“一个接近完美的项目，几乎每个选举区都一个承包商”。
将所有的先进技术以及海、空的要求都集合在一架飞机上，这是非常困难的，就像一个婴儿的诞生，需要母亲做出 10 月怀胎的辛苦努力一样。不过这辛苦并不只是单单出自于飞机自身，还有来自于国会和媒体的持续关注，他们发现在新机的研制过程中不断暴露出成本过高、交付延迟的缺点。在他们眼中只有显而易见的缺点，全新的变后掠翼技术、电脑控制的全天候导航和武器投放系统、低空自动驾驶系统、这些完全超出了他们的想象。这其中一项新技术的成本和应用的不确定性因素是喜欢高谈阔论记者和官僚们最难理解的。因此 F-111 的成本完全超过了麦克纳马拉的估计。首架原型机的成本已从估算的 450 万美元涨到 600 万美元。这使得以强调通用性降低成本的麦克纳马拉和 F-111 成为美国人眼中的笑柄，公众激烈的反应充斥着美国媒体。出于成本的原因，最终导致 F-111 的采购数量大幅度地削减。这对于通用动力和 F-111 都是非常痛苦的，不过好在还没有危及整个项目的发展。这样通用动力面对着双重的压力，一方面要尽量控制成本，另一方面还要解决新技术带来的困难。这样一些本应该在飞行实验中发现和解决的问题，全都转移到机场和工厂中进行。