为了应付冷战后形势的需要，皇家海军正式组建了三军联合快速部署部队，并决定在航母上部署空军的“鹞”式攻击机和陆军直升机。1997年底，皇家空军的“鹞”GR7攻击机正式上舰。1998年1月18日，“无敌”号搭载7架“鹞”GR7攻击机和12架“海鹞”FA2战斗机出航，开始执行混合配置后的首次作战使命－－配合美军对伊拉克实行空中打击。
1998年夏，皇家海军2艘航母参加了北约“坚定决心”联合演习。这一次，“卓越”号搭载1个由“鹞”式攻击机和“海鹞”式战斗机组成的混编大队，“无敌”号则搭载1个海陆军混合直升机大队和700名海军陆战队员，从而全面实现了“由海向陆”的作战概念，“无敌”级航母又承担起新的作战使命。
目前，最新一轮改装已经开始。1998年年中，“卓越”号进行了为期7个月的前甲板延伸工程。其“海标枪”防空导弹被拆去，增加了一块400余平方米的甲板面积，原“海标枪”的弹药库被改装成“鹞”GR7的军械舱，这样，“鹞”式飞机上舰就更加方便了。
