马西米连的孙子，日后的神圣罗马皇帝费迪南一世（ferdinand i）于1521年5月25日 迎娶了波希米亚郡主安妮（anne of bohemia），次年，费迪南的妹妹玛利亚郡主（maria of austria）嫁与匈牙利兼波希米亚国王路易二世（louis ii of hungary & bohemia），这两段婚姻为日后奥地利吞并波希米亚和奥匈合组二元帝国埋下伏线。
马西米连的儿女，多与外国王族通婚，哈布斯堡王朝在欧洲的影响，大大增强。
查理五世称霸欧洲
马西米连精心安排的政治婚姻，使他的孙子查理五世（西班牙称卡洛斯一世）成为欧洲的霸主。
1506年，查理的父亲英俊王菲利浦英年早逝，查理便继承了勃艮地公爵一职，成为了西属尼德兰（今日的荷兰和比利时）的首位统治者。
1516年，查理的外祖父，西班牙国王费迪南二世病逝，查理因此成为了西班牙国王卡洛斯一世。自此，西班牙全国、意大利南部的西西里岛、撒丁岛、那不勒斯王国以及西班牙在美洲的殖民地都成了哈布斯堡王朝的管治领域。
1519年，查理的祖父，神圣罗马皇帝马西米连一世病逝，查理继承帝位成为查理五世，并承继了家族对奥地利和阿尔萨斯的管治。
此时，查理五世成了统治最多领土的欧洲君主，不过仍然不断出征，如对付基督新教徒以及奥斯曼帝国的入侵。因此，查理五世所统治国家的内政，多由他的代理人处理，在西班牙的代理人是他的儿子菲利浦王子，而在奥地利的是他的弟弟费迪南大公。
虽然，哈布斯堡皇朝的领地面积已冠全欧，但皇朝为扩张而进行的征战一直继续。
重夺匈牙利波希米亚
1526年8月29日，匈牙利兼波西米亚国王路易二世与奥斯曼土耳其苏丹"奇迹王"苏莱曼一世，在匈牙利首都布达佩斯附近的摩哈赤激战，史称第一次摩哈赤战役。土耳其军战胜匈牙利军，路易不幸战死沙场。
但奥斯曼帝国并无长期占领匈牙利，反而在9月时撤军。此时，神圣罗马皇帝查理五世的弟弟，奥地利大公费迪南以路易的姐夫身份继承匈牙利和波西米亚国王。虽然在匈牙利出现了争位者，但很快便被平定。自此，匈牙利、波西米亚和摩拉维亚一直在哈布斯堡皇朝的管治之下，直至1918年。而西里西亚（今日波兰南部）也暂时成为哈布斯堡皇朝的领地。
王朝分家
1556年，查理五世自觉年老，因此决定将西班牙王位和奥地利大公分别让与他的两位代理人，并让他们各自的子孙世袭他们自己的王位，不得互传。自此，哈布斯堡王朝正式分为奥地利分支和西班牙分支，查理五世时期一人统领王朝领地的局面也不再出现。
