在重组战争之后，有一部分科学家通过基因技术制造出了一种各方面能力都超过一般人类的强化人，被称作调整者[COORDINATOR]。后来，由于证据1的出现，宗教界的威信崩溃，人们渐渐接受了调整者这一特殊的存在。 由于各方面调整者和自然人的冲突，在长期的计划后，由调整者卫星组成的“Z.A.F.T”（扎夫特）和投资建设卫星的理事国的对立日渐明显，终于，在受到ZAFT持续的小规模袭击后。C.E70年2月14日，地球军向P.L.A.N.T农业卫星狄尼尤斯7发射核弹，摧毁了它，人称“血色情人节”（阿斯兰的母亲雷诺亚.萨拉也在此事件中丧生，阿斯兰也因此加入军队）。之后双方放弃了所有的外交努力，撕破脸皮开始军事行动，惨烈的宇宙战争由此爆发……
开战一年后，在中立的资源卫星国家赫立奥波利斯[ヘリオポリス]（属于奥布）上发生一场战斗，为了夺取“大西洋联邦”秘密研制的新型高性能机动战士“GUNDAM”，扎夫特军队机动战士部队突袭了地球联合军。这个冒险的军事行动由于策划充分而且行动迅速，打的地球联合军措手不及，抢走5台地球军的新武器——高达中的4台（暴风高达，决斗高达，迅雷高达，圣盾高达）。
基拉和好友阿斯兰都是生活在行星上的调整者少年，他们从小住在一起，对未来有着同样的希望和梦想。阿斯兰因为“血色情人节”事件中母亲的去世而决定加入扎夫特军队，成为一名机动战士驾驶员。在这次行动中，阿斯兰也是其中成员之一。而此时的基拉还是一名工业学校的学生，在扎夫特军的突袭中，他被地球联合军上尉玛琉·拉米亚斯带入未被抢走的强袭高达（STRIKE GUNDAM，亦译突击高达），而在随后的战斗中，精通编程的基拉在1分钟内就把强袭高达原有的自然人用操作系统修改为调整者用操作系统，击败了扎夫特的吉恩，展现出惊人的战斗天赋。然而扎夫特军队的追击如影随形，为了保护身边的朋友，基拉不得不继续驾驶强袭高达，踏上了纠缠着爱恨情仇的战争的征途。
动画片《钢弹Seed》分集剧情介绍：
《钢弹Seed》剧情介绍第一话：偽りの平和
C.E.70年，追求政治经济独立的PLANT以“染血的情人节”事件为契机，与地球联合之间正式爆发了武装冲突。拥有MS的ZAFT军在各地都对联合军取得了压倒性的胜利，使得各方原先“地球军将会以数量优势取得胜利”的预测彻底落空了。11个月过去了，战局依然呈现胶着状态。
大和吉良是在中立国奥布的资源卫星赫利奥波利斯上生活的一名普通的工业专科学校的学生。某一天，在前往研究室的时候，吉良被卷入了ZAFT军夺取高达的作战之中。
利用突袭所产生的混乱，ZAFT军很快夺取了5架高达中的3架。此时，正在寻找避难场所的吉良偶然发现了剩下的两架高达，而前来夺取高达的ZAFT军人之一，竟是他幼时的好友阿斯兰·萨拉。
《钢弹Seed》剧情介绍第二话：その名はガンダム
吉良与地球联合军的军官玛琉一起乘上唯一未被夺走的强袭高达，离开了陷入爆炸之中的工场。但是，ZAFT军的MS正守候在工场外面。负伤的玛琉无法操作强袭高达，危急时刻，吉良代替玛琉开始驾驶强袭高达，并修正了高达的操作系统。潜在能力被解放出来的强袭高达轻而易举地击破了ZAFT军的MS。然而，危机解除后，吉良和他的朋友们却被玛琉以涉及军事机密而“挟持”。
同一时刻，前来接收高达的大天使号的残余人员在娜塔尔少尉的带领下，启动了大天使号；得知消息的穆也回到了赫利奥波利斯的内部对大天使号进行援护。大天使号与ZAFT军就在殖民地卫星的内部展开了激战。
《钢弹Seed》剧情介绍第三话：崩壊の大地
在与ZAFT军的拉乌激战的时候，吉良驾驶强袭高达将赫利奥波利斯的壁轰开了一个大洞。惊讶于强袭高达的威力的拉乌选择了撤退。吉良等人登上了大天使号。正当众人惊诧于驾驶强袭高达的吉良只是个孩子的时候，穆看出了吉良是新人类。感觉到高达的威胁的拉乌选择了再度攻击大天使号，阿斯兰也驾驶着刚强夺来的圣盾高达随队一同出击。由于操作系统被吉良修改过，其他人根本无法驾驶强袭高达。随着敌人的临近，已决定不再驾驶高达的吉良不得不再度出击。吉良与阿斯兰，曾经的朋友在战场上再次相逢。激烈的战斗中，早已伤痕累累的赫利奥波利斯开始解体。
《钢弹Seed》剧情介绍第四话：サイレントラン
带着赫利奥波利斯解体时逃出的一艘救生舱，吉良回到了大天使号上，吉良等人的同学芙蕾也在这艘救生舱里。大天使号选择前往友军的军事卫星阿尔特弥斯要塞；但这个行动被拉乌识破，并针对大天使号的路线立下了行动方案。作为友人，阿斯兰一心希望吉良能回到新人类这边来，因此对于拉乌的质问，他的回答是将说服吉良。
被识破计划的大天使号遭到拉乌队的夹击。为了减轻吉良的负担，多尔等人志愿来到舰桥协助玛琉等人工作。被朋友们的行动及穆的言语所触动的吉良，决定继续驾驶强袭高达作战。
