《钢弹Seed》分集介绍第三十九话：アスラン
在阿斯兰及迪亚克的帮助下，吉良等人击退了驾驶三部最新的GAT系列高达的克罗特、夏尼和奥尔加，联合军太平洋舰队也因此被迫撤退。
原来克罗特等三人并非像吉良那样天生具有MS机师的禀赋，而是要借助药物人为地获得操纵MS的能力，所以实际上也是一种“强化人”（boosted man）。另一方面，吉良和阿斯兰这对好朋友终于可以笑颜相对，站到一条战线上来。而此时的联合军太平洋舰队重整了态势，以驾驶高达的克罗特三人为核心，再度来袭。
《钢弹Seed》分集介绍第四十话：暁の宇宙 (そら) へ
联合军太平洋舰队再度对奥布发起攻击。战斗越发激烈，奥布本土岌岌可危，随时都有可能陷落。奥布原代表乌兹米再三权衡后，决定放弃奥布本土。奥布的残存部队集中在宇宙舰草薙号及大天使号上，预备由质量加速机上向宇宙发进。在吉良和阿斯兰两人的联手通力支援下，草薙号和大天使号成功地摆脱了太平洋舰队的攻击，自大气圈脱出。临行前，卡嘉莉终于知道了自己和吉良的姐弟关系。
目送草薙号和大天使号离开后，仍留在奥布的乌兹米按下按钮，进行了壮绝的自爆。
《钢弹Seed》分集介绍第四十一话：ゆれる世界
脱离了大气圈的草薙号和大天使号准备前往位于L4的废弃了的殖民卫星群。
在PLANT，帕特利克·萨拉的肃正行动仍在继续；而拉克丝一派也针锋相对地在地下持续进行着反战宣传。一直追求以和平方式来解决争端的前最高评议会议长西格尔·克莱恩在肃正行动中被射杀。芙蕾与克鲁泽和伊扎克一起返回PLANT。联合军在夺回了维多利亚基地的质量加速机之后，为追击大天使号而向宇宙发进。卡嘉莉向吉良告知了两人的同胞关系；阿斯兰想回到PLANT，再次与父亲好好谈一谈。另一方面，娜塔尔前往月面基地就任大天使级二号舰主天使号（Dominion）的舰长，军衔也晋升为少校。
《钢弹Seed》分集介绍第四十二话：ラクス出撃
阿斯兰前往ZAFT的宇宙要塞“雅金·杜埃”与父亲见面，但帕特利克·萨拉“这场战争的目的就是为了灭绝自然人”的回答让阿斯兰彻底死了心。为了从阿斯兰那里获取自由高达与正义高达的所在，帕特利克将阿斯兰拘禁起来；得知消息的拉克丝等人立即开始行动起来。将脱出的阿斯兰收容的，是以拉克丝为指挥官的ZAFT军的新造战舰“永恒”号，而舰长正是安德鲁·巴特菲尔德。向宇宙要塞“雅金·杜埃”发进的“永恒”号遭到了ZAFT军追击队的攻击。危急时刻，驾驶自由高达的吉良出现，解救了“永恒”号。
草薙号、大天使号和永恒号在L4的殖民卫星“门德尔”会合了。安迪、拉克丝、阿斯兰这些“克莱恩派”的人，也与大天使号的众人再度见面。
《钢弹Seed》分集介绍第四十三话：立ちはだかるもの
得到ZAFT军正在向大天使号驻留的L4殖民卫星群发进的消息后，蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔带着三架高达来到主天使号上，准备抢先一步对大天使号发动攻击。
