另一方面，正在追击永恒号途中的克鲁泽，似乎对门德尔这个地方十分的熟悉。主天使号对大天使号、永恒号及草薙号所在的门德尔发动了突袭。除了未完成最终调试的永恒号之外，大天使号和草薙号先后出动迎战。双方交战之前，娜塔尔向大天使号表明了自己的身份，劝众人投降并表示愿意在军事法庭上作证；但被玛琉婉言谢绝。在娜塔尔的出色指挥下，大天使号被打得毫无还手之力，草薙号也被牵制住无法行动。克鲁泽队于此时赶到。看着正在交战的双方，克鲁泽决定带着伊扎克秘密潜入门德尔。感应到克鲁泽的存在的穆也和迪亚克回到了殖民卫星。前去帮助大天使号的吉良，自己也陷入了极其严重的境地。
《钢弹Seed》分集介绍第四十四话：螺旋の邂逅
危急时刻，吉良和阿斯兰先后爆发了种能力，将不利局面扳了过来；克罗特等三人被打得一败涂地，机体能量逐渐见底；与此同时，草薙号也摆脱了牵制，前来协助大天使号。见势不妙的娜塔尔当机立断，下令撤退。另一方面，穆和迪亚克在殖民卫星内部遇上了秘密潜入的克鲁泽和伊扎克，四人捉对展开了激烈的MS战。得知驾驶暴风高达的对方正是迪亚克的伊扎克大吃一惊，而迪亚克也要求和伊扎克谈一谈。
发觉穆和迪亚克仍未归来的吉良也前往殖民卫星内部，正好救下了被克鲁泽击伤的穆。在克鲁泽的有意带领下，穆和吉良来到了研究所内部。在研究所里，克鲁泽不仅说出这里就是吉良的出生地，而且还透露出一个惊天的秘密……
《钢弹Seed》分集介绍第四十五话：開く扉
在殖民卫星门德尔的研究所内部，穆和吉良两人因克鲁泽说出的冲击性的事实而受到极大的震撼：原来吉良是双胞胎中唯一被进行遗传基因操作而在人工子宫里成功出生的新人类；而克鲁泽竟然是穆的父亲——阿尔塔·弗拉格的克隆体；克鲁泽的最终目的，则是终结这个充斥着欲望的世界。穆和吉良留在了研究所里；克鲁泽则返回了威萨利乌斯号上。克罗特等三人恢复过来后，主天使号再度对大天使号发动了攻击；而强袭、暴风和自由三架高达均未返回的大天使号，只得由正义高达独自应战。另一方面，返回到威萨利乌斯号上的克鲁泽，将“打开门的钥匙”托付给了芙蕾之后，开始向大天使号发动攻击。
《钢弹Seed》分集介绍第四十六话：たましいの場所
战斗中，芙蕾带着“打开门的钥匙”乘上救生舱离开了威萨利乌斯号，并发出了救命信号。听到芙蕾的声音后，吉良迅即赶往救生舱，但却为三个强化人所阻拦，救生舱被主天使号回收成功。终于得到了“打开门的钥匙”里关于“中子干扰消除器”的情报，阿兹拉艾尔不禁大喜过望。遭到主天使号和ZAFT舰队夹击的大天使号等三艘战舰突破了ZAFT舰队的阻击。草薙号和永恒号向ZAFT的旗舰威萨利乌斯号合力发动了攻击。在曾经的部下阿斯兰和迪亚克的敬礼中，亚迪斯舰长和威萨利乌斯号永远地消失在漆黑的宇宙之中。
由于主天使号的三个强化人都达到了活动的界限，ZAFT方面也失去了旗舰威萨利乌斯号，大天使号等终于在激战中得以生还，但受伤醒来的吉良却因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克丝的膝上痛哭不已。
《钢弹Seed》分集介绍第四十七话：悪夢は再び
得到了“中子干扰消除器”的情报的主天使号暂时撤离了战斗，向月球方向撤退，准备用核武器来压制新人类。然后，从月面基地发进的地球联合军第六、第七舰队带着装备了“中子干扰消除器”的核弹头向ZAFT军的宇宙要塞“博亚兹”进军。没有料想到地球方面会拥有“中子干扰消除器”的ZAFT军被打得大败。醉心于“博亚兹”的胜利的地球联合军，更进一步地向PLANT本国发射了核弹，幸好被驾驶自由高达和正义高达的吉良和阿斯兰联手阻止。焦虑不已的帕特利克 ·萨拉生怕“染血的情人节”的悲剧再现，决定对地球联合军的舰队使用ZAFT方面的核武器——“Genesis”。
《钢弹Seed》分集介绍第四十八话：怒りの日
ZAFT军的秘密武器“创世纪”所放出的γ射线肆意地射向地球联合军的宇宙舰队，地球联合军伤亡惨重。虽然深为“创世纪”的恐怖所震撼，蓝色波斯菊的盟主阿兹拉艾尔却主张继续攻击。在彼此的兵器的恐怖和被煽动的战意驱动下，地球联合军和ZAFT军开始向你死我活的战场发进。另一方面，吉良等人为了阻止核武器和创世纪继续造成破坏，决定介入地球联合军和ZAFT军的死斗。最终之战的序幕，即将拉开。
《钢弹Seed》分集介绍第四十九话：終末の光
“创世纪”发动了第二波攻击，直接摧毁了月面基地，从月面基地出发的地球联合军舰队也被全灭。断绝了后路和援军的主天使号在阿兹拉艾尔的坚持下只得孤军奋战。在激烈的战斗中，M1 Astray小队成员大半阵亡，使得卡嘉莉的种能力觉醒；禁断高达和灾厄高达相继被赶来协助的决战高达和正义高达击毁；穆所驾驶的强袭高达在与克鲁泽驾驶的天命高达的对决中受损，不得不暂时撤回大天使号。大天使号和主天使号仍然在持续地互相攻击。娜塔尔不愿意再继续这种毫无意义的战斗，在阿兹拉艾尔举枪威胁下仍然下令全员弃船，结果自己被阿兹拉艾尔射杀。 阿兹拉艾尔单独对大天使号发动了最后的进攻，穆驾驶强袭高达为大天使号挡住了这致命的一击，自己却壮烈牺牲。万分痛苦的玛琉下令击毁了主天使号。
《钢弹Seed》分集介绍第五十话：終わらない明日へ
感应到克鲁泽的存在的吉良驾驶着自由高达与天命高达开始了死斗。混战中，迪亚克所驾驶的暴风高达被天命高达的浮游炮击中；驾驶决战高达的伊扎克前来援救，却被强夺高达所阻击。决战高达使用了暴风高达的大型光束炮，将无论是机体还是机师都到达极限的强夺高达击毁，克罗特战死。在与克鲁泽的死斗中，吉良处于一边倒的不利局面，流星系统也被击毁。就在这时，吉良突然发现了逃生艇上的芙蕾，当两人行将见面时，逃生艇被天命高达的浮游炮击毁，芙蕾死亡。草薙号和永恒号同时向创世纪开火，但由于相转移装甲的保护，创世纪安然无恙。阿斯兰和卡嘉莉决定进入雅金·杜埃要塞内部来破坏创世纪。陷入疯狂的帕特利克·萨拉将创世纪的下一个目标定为北美大陆的华盛顿，并开枪打伤了劝阻他的部下，最后被部下射杀。雅金·杜埃的自爆系统被启动，然而自爆程序上还连带着创世纪的发射命令。阿斯兰决定以一己的牺牲让正义高达在雅金·杜埃内部自爆来阻止创世纪的发射，却被卡嘉莉劝阻。
吉良与克鲁泽的死斗也终于到了最后。天命高达的驾驶舱遭到自由高达光束剑的直击，克鲁泽死亡。雅金·杜埃发生爆炸，创世纪同时发射，天命高达首当其冲，自由高达也被波及。 PLANT临时最高评议会发布了停战通告，战争终于结束。劫后余生的阿斯兰和卡嘉莉相拥而泣。 在从大天使号上飞出的机械鸟的带领下，阿斯兰和卡嘉莉找到了飘浮在宇宙中的吉良。
