拉克丝领着吉良来到自由高达的格纳库。带着拉克丝的期盼，吉良驾驶着自由高达离开了PLANT。依靠着自由高达的强大力量，吉良轻易击破了两架拦截的MS，却与刚从地球返回的阿斯兰失之交臂。
《钢弹Seed》分集介绍第三十五话：舞い降りる剣
“真·Spit Break作战”进行中。虽然ZAFT军取得了压倒[剧情频道]性的优势，但由于联合军的顽强抵抗所造成的伤亡也不少。拉乌、穆和娜塔尔得知了联合军真正的作战计划，即以阿拉斯加基地为诱饵，把ZAFT军吸引到这里，然后使用半径为10千米的破坏武器——“独眼巨人”予其毁灭性的打击。穆返回到大天使号上，并将联合军的真意告诉了玛琉等人。玛琉决定撤出战场。然而，大天使号正被密密麻麻的ZAFT部队重重包围着。千钧一发之际，驾驶自由高达的吉良赶到，为大天使号解了围。吉良将通过玛琉得知的联合军的作战方案通告了正在交战的双方，并劝双方停止交战，迅速撤离阿拉斯加基地。“独眼巨人”系统启动，并造成了巨大的破坏。“Spit Break作战”失败的消息传到了刚刚回到PLANT的阿斯兰耳中，同时，他还得知了“在拉克丝的帮助下，新MS被夺取”的消息。
《钢弹Seed》分集介绍第三十六话：正義の名のもとに
由于“Spit Break作战”的失败及自由高达被夺取，PLANT陷入一片混乱之中。PLANT最高评议会议长帕特利克·萨拉命令刚回到PLANT的阿斯兰去搜索自由高达被盗的协力人——拉克丝。另一方面，与大天使号合流的吉良与众人商讨今后的出路。因为大天使号是未经许可私自撤离战场，所以返回联合军的话肯定会以敌前逃亡罪被拘捕，还不如流亡到奥布。斯兰终于找到了拉克丝，然而对于拉克丝“战斗的意义”的疑问，他却无以为答。被拉克丝告知吉良在地球上，阿斯兰驾驶着正义高达开始出击。
《钢弹Seed》分集介绍第三十七话：神のいかずち
大天使号到达奥布，然而却无法自由行动。奥布原代表乌兹米·纳拉·阿兹哈接到了地球联合“若不协力则视为敌对行为”的威胁。
在地球联合军的另一处重要据点巴拿马，于“Spit Break作战”中遭受严重失败的ZAFT军卷土重来，想要破坏巴拿马的质量加速机（Mass Driver）；联合军方面则投入了量产型MS GAT-01 Strike Dagger以对抗，但在ZAFT军的超级武器“贡格尼尔”（这个名称来源于北欧神话中主神奥丁所使用的长矛）面前几无抵抗之力。奥布将回收修复后的强袭高达转交给了大天使号，换成可由自然人进行操作的操作系统之后，配给了穆·拉·弗拉格驾驶。
《钢弹Seed》分集介绍第三十八话：決意の砲火
巴拿马之战的结果是联合军高层（不如说是大西洋联邦的人更合适）万万没有想到的，焦虑的他们派蓝色波斯菊的总帅穆尔塔·阿兹拉艾尔率领太平洋舰队前往讨伐“非我即敌”的奥布。随同他们前往的除了量产型MS外，还有最新的三部GAT系列高达。联合军的太平洋舰队兵临城下，一直保持中立的奥布不得不准备开战。大天使号决定帮助奥布抵抗联合军的侵攻，因此吉良驾驶的自由高达和穆驾驶的强袭高达与奥布的M1 Astray一起并肩作战。众人陷入了与无视光束攻击的禁断高达、强力的接近战型强夺高达以及高火力的灾厄高达的苦战之中。而在这时，前来援助吉良等人的，是阿斯兰驾驶的正义高达和被释放的迪亚克驾驶的暴风高达。
