都统衙门断然拒绝了就缴获的4100两白银的用处向王家沟作出说明，同时也拒绝认可日本人的代表资格，“不承认任何人作为乡镇代表提出支付赔偿损失的问题”，并要求汉文秘书将该日本人姓名告知委员会，并随即通知日本领事馆。
王家沟乡绅们的反抗，显然激怒了教会，他们带着美国士兵抓捕了当地乡绅，民教冲突迅速恶化。都统衙门巡捕局长严词指控“美国传教士煽动”，并要求对传教士的行为进行约束。都统衙门随即下令将王家沟乡绅们转到法庭。
王家沟民教冲突的后续情况，在都统衙门的会议记录没有记载。但当时北京外交使团接到了指令，“要求友好地解决赔偿事宜”，估计此事应该和平处理了。
清末的不少社会矛盾，都是由民教冲突引发，所谓的教民中，不少是为利所驱而入教，多有依仗洋人的势力欺压乡里的情节，西方不少传教士、外交官也看到了这点，但民教矛盾的激化，反而容易成为在政治、军事和经济上谋取更大利益的借口，因此西方在此实行了双重标准，放任教民。而到了八国联军自己治理天津的时候，对类似的事件却基本采取了公平的处理，以期打造其治下的“和谐社会”。
八国联军对天津的占领，是中国百姓第一次近距离地与西方占领军共同生活在同一个城市中，客观地说，不仅是中国的习俗、文化在经受来自西方的挑战，也是西方的理念、行为模式接受东方的挑战。这些文化、制度上的激烈碰撞，在都统衙门的会议纪要中留下了不少痕迹。
