秦始皇陵园工程最高督造者为丞相。丞相之下设有一个由许多官署组成的管理机构。它们是怎样组织和管理这项巨大的土木工程呢？
陵园工程的管理机构，上有丞相作为工程管理的总负责，下有中央一些官署直接参与组织管理与施工。秦代哪些官署参与了陵园工程的管理？史书并没有明确记载。过去只知道汉代是由"东园匠"负责为陵园制作陪葬品的。史书虽然没有记载秦代哪些官署负责陵园工程，不过值得庆幸的是秦始皇陵园出土的一批金文和大量的陶文资料为我们探讨这一悬案提供了丰富的实物文字资料。从目前发现的兵器和其它铜器上刻铭来看，秦代中央主要铸铜官署“寺工”和“少府”都参与了陵园青铜器金银器等陪葬品的制作。寺工官署主要负责铸造陪葬的青铜兵器"少府官署”则负责和参与了陵园其它青铜器、金银器陪葬品的制作。为陵园负责烧造砖瓦房的中央官署机构有"都司空、左司空、右司空、右水、左水、寺水、大水、北司、宫水等十个之多"，"每个官署内都设有许多工师具体主管砖瓦的烧造。现已发现的工师由已达48人"(袁仲一《秦代陶文》)。烧制砖瓦房的还有地方官署和民间制陶作坊。专门为陵园制作兵马俑陪葬的有来自中央官署的雕塑大师，有从都城咸阳抽调来的雕塑大师，也有来自民间帛作坊的雕塑大师和一大批从事辅助工艺的工匠和助手。 "左右司空"不仅负责烧制砖瓦，可能还参与了整个工程的组织与管理。我们知道司空很早就是管理土木工程的。《汉书·百官公卿表》曰："禹作司空，平水土。《通典·职官》曰："周礼，司空为冬官，掌邦事，凡营城起邑，复沟洫，修坟防之事则议其利，建其功，四方水土功课发尽，则奏其殿最而行赏罚。"秦代由于大兴土木工程，不仅在中央设有左右司空，在郡县和邦国同样设有司空，分别以郡司空、县司空、邦司空称之。《云梦秦简》释文注曰："司空，官名，掌管工程，因当时工程多用刑徒，后逐渐成为主管刑徒的官名。"秦始皇陵园这样大型的土木工程由左右司空参与管理与组组织是完全可能的。
陵园工程不令有一套完整的行政管理机构，同时它还以立法开工管理工程。从《云梦秦简》可知秦代土木工程立法涉及的范围相当广泛，立法十分严密，法定准则又非常明确。就拿人员征调来说，秦律明确规定必须按时征发徭役，按时组织输送被征调的人员，按时到达服徭役的场所。否则，如果耽误了征发徭役对于当事人员要处以罚1甲的处理。被征调人员如果迟到3天到5天要受到训斥，迟到6天到10天，罚一盾，迟到10天以上，罚一甲。秦律对耽误征发徭役和征调人员迟到的处罚是够严厉的。秦代一甲约值几百钱，一个股徭役者干一天才能得到8钱报酬。这样折算，为一甲就相当于一个人无尝地干数百天工日，罚2甲则干的工日更多。再从人员组织管理来说，秦律针对不同身份的人制定了不同的管理方式。如私家奴婢及刑徒在服劳役黄奇意每20人编为一组，每组派刑徒主管一人，负责监管刑徒，逃跑的要加罪。如果刑徒主管人员不够时，可以把劳作三年以上的刑徒减刑派为刑徒主管。爵位在公士以下的人居赀劳作期间不必空囚服，也不必戴刑具。关于工程管理秦律也有法定程序和法人主管，秦代工程还有法定的质量和验收标准。秦律明文规定，所筑墙垣一年之内不得发生质量问题，如果不满一年发生墙坏现象，主持工程的司空、主管该 墙的君子有，并且令原来修墙的人员重新修筑，所费的工日不得算入服徭役的时间。秦代工程还有法定的呈报程序。呈报工程之前要预算准确的工程量。工程量估算的法定标准是施工在预定期限的前后各两天内完成为合法，超期两天以上或提前两天以上都要追究法委责任。估算工程量的法人代表是主管工程的司空与匠人。工程由他们两人共同估算，否则是违法的，工程量估算超过法定标准要追究其法律责任。秦代工程还有法定技高一筹空员，一般由行政主管、司空、技术主管、匠人和君子组成工程的法定领导，工程的估算、施工、质量均由他们负责，并承担法律责任。
总之，秦始皇陵这项巨大的土木工程有一套完整的行政管理机构，并辅之以立法管理的。
