“塔卡莫”AN/USC-13系统，为核心部件的机载通信中继系统，它由中央控制台、发射/接收机系统、甚低频功率放大器、天线耦合器和双甚低频拖曳天线等组成。机身尾部携带有重型通信系统。机载导航系统包括LTN-90激光陀螺导航、LTN-2ll “欧米加”导航系统、AN/APS-l33气象雷达。机上没有武器 装备 ，只在翼尖舱内安装有AN / ALR66(V)4电子战支持系统，可提供威胁信息、敌我识别和威胁的方向与大致的距离等。在执行通信中继任务期间，E-6A飞机最明显的识别特征是2条拖曳天线，一条从机身中部下延伸出来，长8534米；另一条则从尾锥延伸出来，长1524米，两条天线完全展开大约需要5分钟。飞机在7600-9150米的高空做环形飞行，此时天线接近垂直状态，用于与下潜的弹道导弹核潜艇进行甚低频（VLF）通信。
美国海军最初使用承包商提供的波音707-320商用飞机训练E-6A潜艇通信中继机的机组人员，作战测试和评估由海军第一航空试验与鉴定中队（VX-1）负责。俄亥俄州俄克拉荷马城的廷克空军基地拥有专门训练机组人员的合同飞行员训练系统（CFCTS）。该系统由2部作战飞行训练装置、一套课堂训练系统和2架TC-18F飞行教练机等设备组成，可为飞行员、导航员和随机机械师提供地面和空中训练，飞行训练（进级和空中加油等）由海军教官飞行员及承包商教员引导在TC-18教练机上完成。
持续改进
在美国海军中，只有E-6A是单一任务飞机。在它正式服役后不久，美国海军就开始对其进行改进。根据美国海军的要求，雷声电子系统公司负责这一改进项目，确定主要升级“塔卡莫”作战能力并将战略司令部（STRATCOM）所属EC-135“窥镜”空中指挥所飞机上的一系列设备转移到E-6A飞机上，改进后称之为E-6B“墨丘利”，既能执行“塔卡莫”任务，也能执行空中指挥所任务，其名称也从单纯的潜艇通信中继飞机变为空中对潜指挥机。
由于E-6A直接安装了从EC-130Q上拆下来的潜艇通信中继系统，在改进时又直接安装了从EC-135飞机上拆下来的机载指挥系统，因此从这个意义上讲，E-6B实际上就是EC-13OQ潜艇通信中继机与EC-135空中指挥机的机载系统，集成安装在波音707-32OB型机上的一种双重任务飞机。美国海军于1997年12月接收第一架升级后的E-6B飞机，1998年10月形成初始作战能力，同时被赋予双重作战任务。与E-6A相比，新的E-6B机型主要增加或集成了8大系统。包括：加装机载发射控制系统，该系统可控制陆基弹道导弹在发射井中的状态及发射等，使E-6B可充当机载发射控制中心；加装超高频通信、指挥和控制无线电子系统，增加3个超音频接收机；增加数字机载内部通信交换系统，在通信设备之间提供自动化音频分发和设备控制／布局（随控布局）以支持空中指挥所任务和“塔卡莫”任务；增加军事战略战术和中继机载终端系统，通过卫星系统提供外部高频／特高频／超高频通信；加装任务计算机系统；增加时间／频率标准分发系统；加装高功率发送装置，替换原来的200千瓦甚低频高功率放大器和双拖曳天线；增加3条双冗余MIL-STD-1553B数据总线，以便今后对E-6B机载系统进行进一步改进。
就作战性能而言，E-6B保留了E-6A所有的能力并增加了许多新的作战能力，其中最重要的是用于指挥、控制和通信的作战参谋部职能和用于洲际弹道导弹程序设计和发射的机载发射控制中心能力。
为更有效指挥和控制水下的战略核潜艇，E-6B的拖曳天线轨道系统也进行了重大的改进。E-6飞机的通信中继任务由两条拖曳天线同时进行连续的轨道机动来完成，要想达到最佳甚低频连接状态，拖曳天线应尽可能接近垂直状态。此前存在的轨道控制问题和电线／尾翼接触等，妨碍了E-6A获得最理想的天线垂直状态。E-6B通过改进航空电子系统，包括安装自动节流圈和飞行管理计算机系统软件等，修正了原E-6A飞机存在的这一不足。
美国海军所有16架E-6A飞机到2003年全部升级至E-6B标准，但在未完成全部飞机的升级任务时，另一改进项目同时铺开。2002年初，波音公司开始将波音客机所使用的先进玻璃座舱移植到E-6B飞机上，升级后的驾驶舱安装有满足联邦航空管理局和国际民航组织飞行管理和终端要求的多功能显示系统。新的多功能显示系统采用了波音777和737-700飞机使用的下一代航空电子技术，将为舰队提供最先进的通信、导航和监视能力，且能够更有效地使用国际民用航空组织现有航线和管制系统，以满足全球空中交通管理的需求。由于采用了商用现成技术，因此E-6B座舱的维护性大为改善。2003年l月，美国海军和波音公司在波音公司的开发和改装中心进行了首架改装飞机的飞行试验。预计全部飞机的改装工作在2005年内完成。
除此之外，按照美国海军的计划，雷声公司还将为E-6B飞机安装新的战场管理、指挥、控制和通信任务设备，使E-6B具有与海军主要的机载战略指挥和控制系统通信互联的能力。新的通信系统可提供与高速DSL数据传输方式相同质量的数据链接，并具有保密通信能力。
双重角色
作为战略核威慑体系的组成部分，在冷战时期，美国海军的EC-130Q及后来的E-6A/B飞机，美国空军的EC-135飞机等众多型号的空军指挥机都保持高度警戒状态，并且始终都有至少一架在空中巡航。今天，美国海军第3和第4舰队航空侦察机中队像操作早期的EC-13OQ飞机一样操作E-6B“墨丘利”飞机，尽管不再需要全天24小时在空中执行戒备任务，但E-6B仍然时刻保持警戒状态，随时准备升空执行核战任务。目前，美国海军E-6B飞机每月平均飞行时间约95个小时。
E-6B飞机设计用于支持21世纪美国强大且灵活的核威慑态势，是美国海军现役主要的抗毁战略通信系统，也是美国国家战略指挥、控制、通信和情报系统的重要组成部分。E-6B飞翔在碧海蓝天之间，一头连着国家最高指挥当局，另一头连着航行在深海大洋中的战略导弹核潜艇。事实上，从E-6A升级到E-6B，它已经扮演着“塔卡莫”和空中指挥所的双重角色，除指挥和控制弹道导弹核潜艇外，E-6B还从国家最高指挥当局接收命令并向所有战略部队或非战略作战部队提供通信中继，成为美国战略部队和战区司令部总司令的空中机动指挥所。
美国海军E-6B飞机的主要作战基地是俄克拉荷马州的廷克空军基地，西海岸警戒基地是加利福尼亚州的特拉维斯空军基地， 东海 岸警戒基地为马里兰州的帕特森空军基地，另外在美国大陆中部还有一个新的警戒基地。
对潜指挥和通信中继是E-6B的首要任务，也是最基本的作战任务。当执行“塔卡莫”任务时，E-6B飞机通常搭载5名军官、9名空勤士兵和4名受训人员组成的机组人员，它可以从不同的部署地点起飞执行独立的作战行动。E-6B飞机上拥有一个完整的通信中心，可在甚低频至特高频的整个频率范围内同时接收或发射信号，还可在特殊环境中接收多频率低电平信号，同时发射高功率信号。机载发射／接受机系统可接受来自本土指挥中心、海军甚低频岸基站、E-4 “国家空中作战中心”及各空中指挥所发出的甚低频上行信号；高频收发机组可提供空对空、空对地通信能力；特高频系统则可与空军卫星通信系统、海军舰队卫星通信系统或话音通信系统连接。E-6B将接收到的信息进行加密和抗干扰调制编码，机载甚低频功率放大器和天线藕合器则将信号放大到200千瓦以上，然后通过可收放的双拖曳天线向核潜艇发出。
E-6B飞机在1998年形成初始作战能力时，美国空军EC-135飞机指挥机随之退役，其原来担负的空军指挥任务就交由E-6B负责。但E-6B平时仍作为潜艇通信中继机，当美国战略司令部决定E-6B要执行空中指挥所任务时，海军的E-6B飞机就转由战略司令部直接指挥，其中2架E-6B飞机将立即飞往内布拉斯加州奥弗特空军基地搭载作战人员和机载发射控制系统设备，而且将一直处于警戒状态。执行任务期间，每架E-6B飞机通常搭载5名海军军官、9名海军空勤人员和8名作战参谋。
