1649年1月10日，特别法庭通过了对于库克担任副总检察长的任命。面对紧张而危险的局势，库克没有丝毫犹豫，欣然接受了“如同从天而降的呼召一般”的任命。（P147）经过多年的法律实践和对英国人民生存状况的深切体验，还有战争对英国带来的伤害，库克坚信，一个导致千万英国人民死亡的战争政策无论如何都不符合公益，国王是导致这个国家无数自由人民被杀害的罪魁祸首。
审判在庄严肃穆的威斯敏斯特大厅举行。1月20日第一次开庭。大法官庄严宣布：“带人犯上庭。”这个宣告也是史无前例的。憔悴的查理出现在众人视线中。副总检察长库克出场了，他掷地有声地宣告：
“我代表英国人民并且以他们的名义，向法庭控诉我身旁所坐的英国国王查理·斯图亚特构成严重叛国罪及其他严重罪行。”（P158）
经过多次开庭和证据阶段，法庭各位委员和顾问们厘清了案件事实。库克越来越强烈的意识到，对于英国人民来说，长远之计就是再也不要让英国为国王所累。国王对于人民的蔑视使他坚定了自己的结论：君主制必须和国王一起灭亡。（P177）
我们来看库克这篇历史性的控词：
“现任英国国王查理·斯图亚特……阴谋破坏这个民族古老的基本法和自由，取而代之以独裁专制政府。他用武器弹药。在这块土地上对议会和整个王国发动了一场残酷的战争，导致遍地荒芜、国库耗尽、贸易萧条、成千上万人民死于非命以及其他数不清的恶果——所有这些严重叛国罪行，足以将查理·斯图亚特定罪……”（P142）
“本人约翰·库克，代表英国人民控告查理·斯圃亚特的叛国除谋和其他罪行构成暴君、叛国贼、杀人犯和英国人民公敞……”（P151）
库克这篇伟大的控词结束了国家元首不受审判的传统，君主豁免权从此不再存在。
大法官布拉德肖则以契约思想论证国王的失职和罪行。他说，“在国王和他的人民之间存在一个契约协定，国王的即位宣誓就意味着契约开始履行。”（P188）这个“契约”思想，可比洛克、卢梭等“社会契约论”哲学家要早几十年！最后大法官正气凛然地宣判：
“本法庭宣判查理·斯图亚
特，作为暴君、叛国者、杀人犯和本国善良人民之公敌，应被处以身首异处的死刑。”（P189）
审判结束了。
1月30日，在伦敦白厅前宽阔的街道上，在大好的日光下，行刑者砍下了查理一世的头。
处决国王后库克面临的战斗仍然严峻。法律容易更改，不容易更改的是人心。深入社会血液中的对君主制度的习惯成见，往往是革命之后产生复辟的一个原因。悲剧最终发生。
